Haplotype Network經驗
1. R的幾個套件對於圖形美編，都不如以下的套裝軟體直接以及美觀。當node多的時候，總是會有較多edge或是node交叉、重疊或是聚集成叢。
[需要嘗試igraph]
2. popart:
Leigh, J. W., & Bryant, D. (2015). POPART: Full-feature software for haplotype network construction. Methods in Ecology and Evolution, 6(9), 1110–1116. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410
方法：MSN, median-joining network, TCS, ancestral MP, integer NJ net, tight span walker等
美編：可呈現比例、顏色、大小，幾乎可以直接發表或是Inkscape稍微編輯
input: nexus, phylip格式
存成：svg, pdf, png
特徵長度限制：？，Sanger定序目前夠用，若太長可以只保留有變異的位置（例如使用MEGA）
怪脾氣：檔案的所有路徑、檔名不可以有中文（Windows、Ubuntu之下執行都一樣）
3. TCS
Clement, M., Posada, D., & Crandall, K. A. (2000). TCS: A computer program to estimate gene genealogies. Molecular Ecology, 9(10), 1657–1659. https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x
方法：就是只有TCS
美編：output無法直接使用，是所有軟體裡面最差的，但是輸出成*.gml配合tcsBU就可以
input: nexus, phylip格式
存成：gml, postscript, pict
4. FastHaN:
Chi, L., Zhang, X., Xue, Y., & Chen, H. (2025). fastHaN: A fast and scalable program for constructing haplotype network for large-sample sequences. Molecular Ecology Resources, 25(5), e13829. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13829
方法：original_tcs (Clement's TCS), modified_tcs (PopART TCS), msn (PopART), mjn (PopART)。
美編：只有2個輸出檔輸出成*.gml與*.json，再將gml配合tcsBU就可以（附贈tcsBU，解壓縮之後執行index.html）
input:只吃PHYLIP格式
其他：You can use the Python script of GenNetworkConfig.py to generate two config files required by tcsBU.
評論：只是將PopART的輸出能存成gml格式，是有市場需求的產品。可以分析genomics的大量數據
5. HapNetworkView
Chi, L., Dong, Y., Wang, R., Yang, S., Wu, L., Xue, Y., & Chen, H. (2025). HapNetworkView: A tool for haplotype network exploration and visualization. BMC Genomics, 26(1), 52. https://doi.org/10.1186/s12864-025-11206-8
方法：Java程式，容易有支援版本問題。"We integrated fastHaN to construct a haplotype network,..."
美編：可以顯示node name, link step number, color...
缺點：不能依照頻率改變node圈的大小，是依照分支數目。也沒得選方法，或是要由FastHaN的gml做美編
其他：genomics 數據大的時候可以用
6. tcsBU
Santos, AM, Cabezas MP, Tavares AI, Xavier R, Branco M (2016) tcsBU: a tool to extend TCS network layout and visualization. Bioinformatics, btv636 (doi: 10.1093/bioinformatics/btv636)
方法：就是只有美編功能。online: https://www.fc.up.pt/pessoas/amsantos/tcsBU/
input: gml
存成：svg
評論：對TCS與FastHaN而言，最重要的美編工具，能把gml格式的樹呈現幾乎可以直接發表或是Inkscape稍微編輯。
缺點：無法在圖上顯示haplotype name，如果是大量數據還是可以接受
怪脾氣：TCS的network有時候會有不連接在一起的node或是node group，不管connection limit如何設定（90-99％或是step）都很難取得完整的、好看的net，step設太高會產生複雜交錯的網路難以使用。但是改用FastHaN的 original TCS就沒有問題(但是step又無法顯示！待解決)。
先load group.csv的顏色設定，再load haplotype.csv才會顯示
總結論：
最佳：單獨使用PopART (傳統直線形link) [繞了一圈又回到原點]。
或是 FastHaN + tcsBU (彎曲的link) [genomics data適合用]
