小八極在練習與展示上是慢練的套路，就像太極拳一樣。
但是練小八極的人常常在蹲定式，也就是把每一個動作停在那裡，停個幾個呼吸，再進行下一個，再停。又因為叫做'八"極拳，所以常常停八個呼吸，當年我都希望它叫做二極拳或是無極拳。聽說蹲定式會長功夫。蹲定式對不對，或是說效果好不好，我就不予批評。
一樣慢練的太極拳為什麼慢練？其中一個原因就是要慢慢的檢查自己的動作對不對，尤其是要檢查動態的動作、過渡的動作，身手步行走的路徑（拳軌）對不對， 而不是只有檢查靜態的定式動作而已。後者就是蹲定式，方便老師檢查，希望由正確的點，能自動連結出正確的線與面。
由於一個動作所涉及到的身手步有太多的細節， 所以就得慢慢的練、慢慢的來看（自己或是老師用肉眼看）、或是體會（自己觀照）。這是太極拳要慢練的其中一個理由，也是最淺顯的理由，因為淺顯，所以並不涉及太極拳與其他拳種的根本差異，所以別的拳種也都可以偶爾慢慢練，慢慢體會。
如果知道每一個動作的意義，慢練會出功夫，如果對動作的設計不明所以，慢練只會粗腿。
至於"飛矢不動"的太極慢練，又是另外一件事了。
2018年4月24日 星期二
2018年4月11日 星期三
RAxML
( 202007修訂)
我的系統是Ubuntu14.04/18.04
一、安裝
1.Github抓的最新版本，依照manual compile安裝幾個*.gcc後無法執行，登出、重啟都無法執行，出現未安裝raxmlHPC訊息。
2.只好在軟體中心安裝：但是Ubuntu14.04只有v7.8.2，Ubuntu16.04版才有最新版本
[安裝之後出現過一次當機，自動登出，登入之後沒有側欄工具列-->到tty1重新啟動 $ sudo reboot，ok]
3.舊版因為功能有限，所以還是想裝8版，嘗試terminal下 $sudo apt-get update 以及$sudo apt-get install raxml 也沒辦法更新
3.原來這裡就有debian版本：https://ubuntu.pkgs.org/16.04/ubuntu-universe-amd64/raxml_8.2.4-1_amd64.deb.html ，下載最新版本（也有i386版本），雙擊/安裝更新
二、操作
先準備好1. fasta或是phylip檔、2. partition.txt、constraint 樹
partition.txt範例：
DNAX,coi=1-611
DNAX,its2=612-1012
在Terminal中fasta或是phylip檔的目錄下執行，有2種常用的方式：
（一）一次做完所有需要的基本分析，包括：最佳ML樹、fast bootstrap、把bootstrap套上最佳ML樹（含分支長度）
raxmlHPC -s seq.fas -n ml.txt -m GTRGAMMAI -q partition.txt -p 14756 -f a -x 12685 -# autoMRE -o Chr_IDX15684a,Lah_YNYC16459,Pbc_YNMH10505,Ppv_LCSP6262a,Ftm_ZJHLY5031a,Tvn_PGK7256a
輸出：
Best-scoring ML tree written to: /RAxML_bestTree.ml.txt [只有分支長度]
Best-scoring ML tree with support values written to: /RAxML_bipartitions.ml.txt [FigTree可以直接讀，這是我們一般需要的樹]
Best-scoring ML tree with support values as branch labels written to: /RAxML_bipartitionsBranchLabels.ml.txt [FigTree不能讀]
註：-b -x 不能並用，-x randomNumberSeed (rapid) or -b randomNumberSeed (standard)。 -f a指令之下，也沒辦法用 -b 代替 -x (RAxML-ng 的 --all 指令是只有 standard bootstrap)
註： "rapid Bootstrap analysis and search for bestscoring ML tree in one program run "，還沒搞清楚跟下面指令有何不同，"If you don't specify f at all RAxML will execute the standard hill climbing algorithm "
註：-T : 多核運算數目
註：fast bootstrap的速度比較快，個人經驗與standard bootstrap比較，分支支持度互有高低，但是大致是相似的。數據大的時候可以用fast bootstrap，但是如果只是一般的定序親緣分析，最好用standard bootstrap，因為審稿人有時候很難伺候，很個人主觀經驗硬要你遵守。
Stamataki et al. 2008 A Rapid Bootstrap Algorithm for the RAxML Web Servers. Systematic Biology, 57: 758–771: "The standard BS (SBS) and rapid BS (RBS) values drawn on the best-scoring ML tree are highly correlated and show almost identical average support values. ...RBS inferences are between 8 and 20 times faster (average 14.73) than SBS analyses"
注意：
1.因為Phylp格式允許序列名稱>10字元（relaxed phylip format），但是序列名稱之後要有至少1空格隔開名稱與序列，否則會顯示序列名稱太長。PGDSpider2轉格式序列名稱只有10字元，而且沒有空格隔開名稱與序列。建議使用AliView作編輯和轉序列格式。
2. Raxml v.8之後Fasta格式直接可讀，所以優先採用Fasta格式。其實是Raxml自己多了一個轉檔功能，目錄下會出現一個*.reduced的PHYLP格式檔。
3.raxml語法 dash -之後不能有空格，例如- s會錯誤訊息。
4. 分析輸出的tree是Newick格式，但是要用Archaeoptery Forester才能讀。如果習慣用FigTree顯示的話，可以在文字編輯器中將長度 :1.0和 bootstrap值的左右方括弧 [ 和] 尋找取代刪除掉。
我的系統是Ubuntu14.04/18.04
一、安裝
1.Github抓的最新版本，依照manual compile安裝幾個*.gcc後無法執行，登出、重啟都無法執行，出現未安裝raxmlHPC訊息。
2.只好在軟體中心安裝：但是Ubuntu14.04只有v7.8.2，Ubuntu16.04版才有最新版本
[安裝之後出現過一次當機，自動登出，登入之後沒有側欄工具列-->到tty1重新啟動 $ sudo reboot，ok]
3.舊版因為功能有限，所以還是想裝8版，嘗試terminal下 $sudo apt-get update 以及$sudo apt-get install raxml 也沒辦法更新
3.原來這裡就有debian版本：https://ubuntu.pkgs.org/16.04/ubuntu-universe-amd64/raxml_8.2.4-1_amd64.deb.html ，下載最新版本（也有i386版本），雙擊/安裝更新
二、操作
先準備好1. fasta或是phylip檔、2. partition.txt、constraint 樹
partition.txt範例：
DNAX,coi=1-611
DNAX,its2=612-1012
在Terminal中fasta或是phylip檔的目錄下執行，有2種常用的方式：
（一）一次做完所有需要的基本分析，包括：最佳ML樹、fast bootstrap、把bootstrap套上最佳ML樹（含分支長度）
raxmlHPC -s seq.fas -n ml.txt -m GTRGAMMAI -q partition.txt -p 14756 -f a -x 12685 -# autoMRE -o Chr_IDX15684a,Lah_YNYC16459,Pbc_YNMH10505,Ppv_LCSP6262a,Ftm_ZJHLY5031a,Tvn_PGK7256a
輸出：
Best-scoring ML tree written to: /RAxML_bestTree.ml.txt [只有分支長度]
Best-scoring ML tree with support values written to: /RAxML_bipartitions.ml.txt [FigTree可以直接讀，這是我們一般需要的樹]
Best-scoring ML tree with support values as branch labels written to: /RAxML_bipartitionsBranchLabels.ml.txt [FigTree不能讀]
註：-b -x 不能並用，-x randomNumberSeed (rapid) or -b randomNumberSeed (standard)。 -f a指令之下，也沒辦法用 -b 代替 -x (RAxML-ng 的 --all 指令是只有 standard bootstrap)
註： "rapid Bootstrap analysis and search for bestscoring ML tree in one program run "，還沒搞清楚跟下面指令有何不同，"If you don't specify f at all RAxML will execute the standard hill climbing algorithm "
註：-T : 多核運算數目
註：fast bootstrap的速度比較快，個人經驗與standard bootstrap比較，分支支持度互有高低，但是大致是相似的。數據大的時候可以用fast bootstrap，但是如果只是一般的定序親緣分析，最好用standard bootstrap，因為審稿人有時候很難伺候，很個人主觀經驗硬要你遵守。
Stamataki et al. 2008 A Rapid Bootstrap Algorithm for the RAxML Web Servers. Systematic Biology, 57: 758–771: "The standard BS (SBS) and rapid BS (RBS) values drawn on the best-scoring ML tree are highly correlated and show almost identical average support values. ...RBS inferences are between 8 and 20 times faster (average 14.73) than SBS analyses"
（二）分開做，逐步做最佳ML樹、standard bootstrap、把bootstrap套上最佳ML樹（含分支長度）
1.最佳ML樹（含分支長度，沒有bootstrap）
raxmlHPC -s 4gene.phy -n ml.txt -m GTRGAMMAI -q partition.txt -g constraint.tre -p 28426 -o Chr_IDX15684,Tvn_PGK7256a
==>輸出： RAxML_bestTree.ml.txt [另外一個檔案RAxML_result.ml.txt 在這指令下是一樣的]
2.先bootstrap
raxmlHPC -s 4gene.phy -n ml2.txt -m GTRGAMMAi -q partition.txt -g constraint.tre -p 28426 -o Chr_IDX15684,Tvn_PGK7256a -b 28496 -# autoMRE
註：作者不建議使用GTRGAMMAI，但是大家還是在用，而且raxml-ng還開放了22個model]
註：-n ml2.txt 任務檔名要換
==>輸出：RAxML_bootstrap.ml2.txt [內含多個樹]
或是用-m GTRCAT
raxmlHPC -s 4gene.phy -n ml2.txt -m GTRCAT -q partition.txt -b 45287 -p 28426 -# autoMRE -o Chr_IDX15684,Tvn_PGK7256a
-m GTRCATI[X]:
GTR + Optimization of substitution rates + Optimization of sitespecific evolutionary rates which are categorized into numberOfCategories distinct rate categories for greater computational efficiency. Final tree might be evaluated under GTRGAMMAI, depending on the tree search option.
With the optional "X" appendix you can specify a ML estimate of base frequencies.
-m GTRCAT[X]: Final tree might be evaluated under GTRGAMMA,
3.把bootstrap套上最佳ML樹（含分支長度）
raxmlHPC -f b -t RAxML_bestTree.ml.txt -z RAxML_bootstrap.ml2.txt -m GTRCAT -n ml3.tre
==>輸出：RAxML_bipartitions.ml3.tre [FigTree直接讀的格式]、RAxML_bipartitionsBranchLabels.ml3.tre [bootstrap值在方括弧中，FigTree無法直接讀]
（三）另外可以單獨用的有用指令：
(1)consensus tree
raxmlHPC -J MRE -z RAxML_bootstrap.ml.txt -m GTRCAT -n consensus.tre
-m : 一定要加，但是沒有作用。
類似-J的指令是 -L
-n : name of output file
-z : Specify the file name of a file containing multiple trees
類似-J的指令是 -L
-n : name of output file
-z : Specify the file name of a file containing multiple trees
輸出的樹bootstrap值在方括弧中，刪除 ] 與 :1.0[ ，到FigTree可以讀
注意：
1.因為Phylp格式允許序列名稱>10字元（relaxed phylip format），但是序列名稱之後要有至少1空格隔開名稱與序列，否則會顯示序列名稱太長。PGDSpider2轉格式序列名稱只有10字元，而且沒有空格隔開名稱與序列。建議使用AliView作編輯和轉序列格式。
2. Raxml v.8之後Fasta格式直接可讀，所以優先採用Fasta格式。其實是Raxml自己多了一個轉檔功能，目錄下會出現一個*.reduced的PHYLP格式檔。
3.raxml語法 dash -之後不能有空格，例如- s會錯誤訊息。
4. 分析輸出的tree是Newick格式，但是要用Archaeoptery Forester才能讀。如果習慣用FigTree顯示的話，可以在文字編輯器中將長度 :1.0和 bootstrap值的左右方括弧 [ 和] 尋找取代刪除掉。
2018年4月8日 星期日
如何挑選一張好的練習琴3
（5）外觀。 這一條本來是最不重要的，但是對初學者來說反而是最重要的一條，也可能是唯一可以判斷的一條準則。準則就是你看這一張琴順不順眼， 也許是顏色、也許是形制、也許是背面的題字、或者是琴的名稱、蓋的印章等等。
例如當初我在挑選我的第一張練習琴的時候，樂器行只有兩種形制可以挑，一個是伏羲式，一個是仲尼式。因為個人並不欣賞孔子，所以我絕對不會買仲尼式，就是這麼簡單的意氣用事，無關琴的好壞，我無法想像我每天彈琴的時候，還要想到孔子，那我應該不會想繼續彈了吧，雖然後來我的古琴是在孔廟裡面學的，這是後話了。
又例如我的第二張琴想要挑好一點的琴，我就挑選了一張蕉葉式，因為看起來比較活潑，比較特殊，看起來比較費工製作的樣子，抱歉都跟音樂無關， 但是每天看著我就會想彈琴，就這麼簡單。 而我後來挑選的那一張琴本來是被我否決掉的，因為它背面的題字是用簡體字寫的"聽泉"，天啊！開玩笑古琴怎麼可以用簡體字呢，一定是要正體字或頂多草書的減筆嘛，但是因為他的音色是我所欣賞的音色，最後還是"忍痛"選擇了她，反正彈琴的時候我也看不到那兩個字。
諸如此類種種都會影響你決定要哪一張琴，挑選一張看得順眼的琴，每天都會想要撫摸它、練習它，而且哪一天不再彈琴了，把它掛在客廳或書房的牆壁上，也是一個很漂亮、自己看得賞心悅目的一個裝飾品 。
...........如果以上你都無法理解，那就都不要管，直接買一張你的經濟能力之內的最高價位的琴就對了，總是要付出一些學費的。
總而言之，完全的初學者其實是沒有辦法憑自己一個人挑選出一張好的琴，但是挑出一張堪用的練習琴，還是辦得到的，雖然有時候還是得靠運氣和所謂的緣份。例如有一次我路過台中的一家樂器行順便進去看看，他擺了三張古琴，是桐木製作的，台灣的斲琴師製作的，彈一彈發現其實音色非常好，雖然是新琴，但是整個琴的音色 通、透、鬆、淨， 一張只賣30000元台票，我認為是完全合理的， 品質雖然不是最好，但是是一張夠好的琴，上得了檯面的琴， 完全不輸我那一張60000元買的大陸製杉木琴。這時候其實也不必管桐木琴是不是真的不能傳世千年，先有一張馬上可以彈的好琴才是最重要的，誰知道10年後的世界是怎樣。
例如當初我在挑選我的第一張練習琴的時候，樂器行只有兩種形制可以挑，一個是伏羲式，一個是仲尼式。因為個人並不欣賞孔子，所以我絕對不會買仲尼式，就是這麼簡單的意氣用事，無關琴的好壞，我無法想像我每天彈琴的時候，還要想到孔子，那我應該不會想繼續彈了吧，雖然後來我的古琴是在孔廟裡面學的，這是後話了。
又例如我的第二張琴想要挑好一點的琴，我就挑選了一張蕉葉式，因為看起來比較活潑，比較特殊，看起來比較費工製作的樣子，抱歉都跟音樂無關， 但是每天看著我就會想彈琴，就這麼簡單。 而我後來挑選的那一張琴本來是被我否決掉的，因為它背面的題字是用簡體字寫的"聽泉"，天啊！開玩笑古琴怎麼可以用簡體字呢，一定是要正體字或頂多草書的減筆嘛，但是因為他的音色是我所欣賞的音色，最後還是"忍痛"選擇了她，反正彈琴的時候我也看不到那兩個字。
諸如此類種種都會影響你決定要哪一張琴，挑選一張看得順眼的琴，每天都會想要撫摸它、練習它，而且哪一天不再彈琴了，把它掛在客廳或書房的牆壁上，也是一個很漂亮、自己看得賞心悅目的一個裝飾品 。
...........如果以上你都無法理解，那就都不要管，直接買一張你的經濟能力之內的最高價位的琴就對了，總是要付出一些學費的。
總而言之，完全的初學者其實是沒有辦法憑自己一個人挑選出一張好的琴，但是挑出一張堪用的練習琴，還是辦得到的，雖然有時候還是得靠運氣和所謂的緣份。例如有一次我路過台中的一家樂器行順便進去看看，他擺了三張古琴，是桐木製作的，台灣的斲琴師製作的，彈一彈發現其實音色非常好，雖然是新琴，但是整個琴的音色 通、透、鬆、淨， 一張只賣30000元台票，我認為是完全合理的， 品質雖然不是最好，但是是一張夠好的琴，上得了檯面的琴， 完全不輸我那一張60000元買的大陸製杉木琴。這時候其實也不必管桐木琴是不是真的不能傳世千年，先有一張馬上可以彈的好琴才是最重要的，誰知道10年後的世界是怎樣。
2018年4月1日 星期日
如何挑選一張好的練習琴2
.......
3. 直接買一張練習琴。
你找不到任何人幫助的時候，你就只好信任樂器行的推薦了。在台灣一般樂器行裡面最低階的、最低價的練習琴大約是10000-15000元台幣，當然在這種價位下你不要奢望有多好的琴，能夠買到一張不會養成你壞習慣的琴就已經不錯了。
現在的問題是在這個價位的練習琴你要如何盡可能去挑選好的練習琴， 網路上有很多的教學文章其實都可以參考，但是說到挑選一張琴所考慮的木材材質、上的漆的好壞、琴的音色等等諸多要點，其實對初學者而言完全是對牛彈琴的，即使你很熟悉古琴的音樂，你也未必熟悉木材、漆等等事情與種種技術。而且有很多眾說紛紜，無法分辨之處。
例如，古琴面板材質一般是說用桐木，因為發音音質好，但是也聽說傳世古琴都是杉木做的，等等各自有支持的理由。例如古書裡面講的琴之九德：奇、古、透、靜、潤、圓、清、勻、芳，當然可以參考，可以自己上網去看，但是你就是個未入門的人，什麼是奇？什麼是古？當然分辨不出來。然而最重要而且是初學者（可能）可以辨識的有以下幾點 ：
（1） 好彈。 標準說法應該要講不抗指，也就是左手按弦不會太費力，雖然初學者未必可以分辨出什麼叫抗指不抗指，但是還是得盡量去體會。首先你請樂器行的老闆或售貨員幫你把古琴的七條弦的音調好、調準如果他們不會調，店裡面應該都有一兩本古琴的書，請他們拿著調音器照著調（ 有關這一點我會另外解釋，這邊我曾經出過很糗的錯）。調好音之後，你自己在琴弦上面往下按如果會覺得很費力，就有不適當之處，當然你越靠右邊按弦，就會越緊這是正常的。沒辦法判斷的話，請直接忽略本條。
（2） 不刹音打板、不打弦。 調好音之後，試著用右手撥動琴弦， 如果弦的左側會跟琴面摩擦到發出雜音的話，那就是琴的製作有問題，以後你彈琴就會一直有這種雜音，根本沒有辦法專心。但是因為你不知道撥弦要多大力、要怎樣撥，你很可能會誤判。彈太用力或是方向錯誤，好琴也是會打弦，彈太輕了，會誤以為沒事。打弦多半發生在9徽10徽附近。
（3）泛音。 當你照著調音器把7條弦的音都調好之後， 如果你會彈泛音的話試試看每個徽位的泛音在調音器上面準不準確，有一點點差異那可能是免不了的，但是不可以差太遠，如果你不曉得什麼是泛音的話，那這一條就算了。
（4） 音色。音色要有"古味"，要有"老味"，就像老人在說話，而且是老男人說話，低沉、鬆靜，聽不懂對吧！反過來說，不可以有輕飄飄、尖銳的聲音，還是聽不懂！就是雖然是金屬弦，但是即是是最細的第七弦，也不要發出像古箏的聲音，錚錚錚的，或是說全部七條弦的聲音都要像古箏或古琴最低音那一弦的音色接近。
............
3. 直接買一張練習琴。
你找不到任何人幫助的時候，你就只好信任樂器行的推薦了。在台灣一般樂器行裡面最低階的、最低價的練習琴大約是10000-15000元台幣，當然在這種價位下你不要奢望有多好的琴，能夠買到一張不會養成你壞習慣的琴就已經不錯了。
現在的問題是在這個價位的練習琴你要如何盡可能去挑選好的練習琴， 網路上有很多的教學文章其實都可以參考，但是說到挑選一張琴所考慮的木材材質、上的漆的好壞、琴的音色等等諸多要點，其實對初學者而言完全是對牛彈琴的，即使你很熟悉古琴的音樂，你也未必熟悉木材、漆等等事情與種種技術。而且有很多眾說紛紜，無法分辨之處。
例如，古琴面板材質一般是說用桐木，因為發音音質好，但是也聽說傳世古琴都是杉木做的，等等各自有支持的理由。例如古書裡面講的琴之九德：奇、古、透、靜、潤、圓、清、勻、芳，當然可以參考，可以自己上網去看，但是你就是個未入門的人，什麼是奇？什麼是古？當然分辨不出來。然而最重要而且是初學者（可能）可以辨識的有以下幾點 ：
（1） 好彈。 標準說法應該要講不抗指，也就是左手按弦不會太費力，雖然初學者未必可以分辨出什麼叫抗指不抗指，但是還是得盡量去體會。首先你請樂器行的老闆或售貨員幫你把古琴的七條弦的音調好、調準如果他們不會調，店裡面應該都有一兩本古琴的書，請他們拿著調音器照著調（ 有關這一點我會另外解釋，這邊我曾經出過很糗的錯）。調好音之後，你自己在琴弦上面往下按如果會覺得很費力，就有不適當之處，當然你越靠右邊按弦，就會越緊這是正常的。沒辦法判斷的話，請直接忽略本條。
（2） 不刹音打板、不打弦。 調好音之後，試著用右手撥動琴弦， 如果弦的左側會跟琴面摩擦到發出雜音的話，那就是琴的製作有問題，以後你彈琴就會一直有這種雜音，根本沒有辦法專心。但是因為你不知道撥弦要多大力、要怎樣撥，你很可能會誤判。彈太用力或是方向錯誤，好琴也是會打弦，彈太輕了，會誤以為沒事。打弦多半發生在9徽10徽附近。
（3）泛音。 當你照著調音器把7條弦的音都調好之後， 如果你會彈泛音的話試試看每個徽位的泛音在調音器上面準不準確，有一點點差異那可能是免不了的，但是不可以差太遠，如果你不曉得什麼是泛音的話，那這一條就算了。
（4） 音色。音色要有"古味"，要有"老味"，就像老人在說話，而且是老男人說話，低沉、鬆靜，聽不懂對吧！反過來說，不可以有輕飄飄、尖銳的聲音，還是聽不懂！就是雖然是金屬弦，但是即是是最細的第七弦，也不要發出像古箏的聲音，錚錚錚的，或是說全部七條弦的聲音都要像古箏或古琴最低音那一弦的音色接近。
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