PartitionFinder

1. 到 http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/ 下載，解壓縮到想要的目錄
2. 先準備2個檔案放在同一個目錄，例如以下的例子是3gene目錄:
 (1)DNA 序列檔： PHYLIP 格式，例如以下的例子是 3gene.phy
 (2)partition檔：檔名一定是partition_finder.cfg，內容如下依樣修改，設定的細節參考手冊，#裡面的說明留著備忘：

# ALIGNMENT FILE #
alignment = 3gene.phy;
# BRANCHLENGTHS #
branchlengths = linked;
# MODELS OF EVOLUTION #
models = mrbayes;
model_selection = bic;
# DATA BLOCKS #
[data_blocks]
16S = 1-313;
COI_pos1 = 314-918\3;
COI_pos2 = 315-918\3;
COI_pos3 = 316-918\3;
ITS2 = 919-1455;
# SCHEMES #
[schemes]
search = greedy;

3. 到terminal，直接key in:  python，然後檔案把解壓縮PartitionFinder的目錄裡面的PartitionFinder.py檔以滑鼠拖到terminal，再把準備的2個檔案的目錄以滑鼠拖進terminal，2個中間會自動空一格，看起來類似像這樣：
Ubuntu18:$ python '/media/linghu/data1T/程式/partitionfinder-2.1.1/PartitionFinder.py' '/media/linghu/data1T/systematics/DNA/partitionfinder/3gene'

4. enter執行即可
5. 結果會在2個檔案的目錄產生一個log.txt以及一個analysis目錄，直接看analysis目錄裡面的best_scheme.txt檔即可，裡面也提供 MrBayes的語法，以及其它程式的建議。

心得：
1. 其實有些人認為不需要分那麼細，GTR已經包括了所有的狀況，讓程式的參數來改變即可，現代的電腦運算速度也都夠快。
2. 有些人認為model不要設I，例如RAxml的作者。我的數據常常只要加 I就會得到奇怪的結果。
3. 在BEAST中設定 model參數可以加快達到穩定的時間，PartitionFinder沒有細部設定，所以不如直接用jmodeltest，每個基因執行一次也花不了多少時間。