新機安裝雙系統紀錄Ubuntu 18.04與 windows 10

※新組裝桌機硬體：
240G SSD
1TB SATA
Intel(R) Core(TM) i5-8500 CPU @ 3.00GHz
RAM 8G一條

※
1.先安裝Windows 10在SSD，給約88G，裝完Win10 需要 13.5G，再加上Office 2016, Chrome共再用掉 4G，總共約19G，因為Win幾乎沒在用，所以以後應該切50G就夠了。
2.剩下的140G全給Ubuntu，剛裝完Ubuntu18.04用掉 10G，裝完以下所有的程式，含Ubuntu總共用掉23G。
3.安裝Windows 10與Ubuntu18.04都是用UEFI+GPT安裝，用 Windows的Rufus燒錄Live USB可以選擇UEFI+GPT only
4.安裝Ubuntu18.04之前在BIOS關閉 1. windows快速啟動, 2. secure boot
5.Ubuntu18.04 只切出swap （12G）和root分割，因為home也只是放圖片影音檔而已，我自己有備份。而程式等等每次系統重灌再重新安裝即可。對外行人來說，事情也單純一點。

6.要給Ubuntu18與Windows10共用的資料區分割，如果是在Windows裡切的，最好到Ubuntu磁碟重新格式化一次，雖然都是NTFS格式，但是不會發生在Ubuntu不能讀寫也不能修改讀寫權限的問題，而在Windows自然可以讀寫。事情會比較簡單，但是功力不會增加。

※安裝過程中有時需要 修改 /etc/apt/sources.list，無法取得它們的公鑰
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 公鑰號碼，例如以下是r-cloud的公鑰：
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9


※所有應用程式的捷徑
usr/share/applications
這裡就列出了ubuntu中所有應用程式的捷徑，

※Thunderbird
把信件移一移，收信伺服器設定好即可。
※Chrome
軟體中心安裝，done.

※Zotero 5 (代替EndNote)
軟體中心沒有，自行安裝太麻煩，在terminal執行：
sudo add-apt-repository ppa:smathot/cogscinl
sudo apt-get update
sudo apt-get install zotero-standalone

記得把舊資料庫和文獻庫的連結重設

※WPS Office 2016 （代替MS Office / OpenOffice / LibreOffice）
1.libpng12-0，Ubuntu 18.04有 16-16，但不相容？還要重裝12-0之後才能裝WPS Office
2.安裝WPS font
3.MS font貼上在 /usr/share ，自己加個MSfont目錄

※Viking
軟體中心安裝
已經下載的地圖檔在  home/.viking-maps
圖資（經建版等地圖等）連結檔 map.xml 放在  /usr/share/viking/maps.xml

※QGIS
編輯 /etc/apt/sources.list
加在最後
deb     https://qgis.org/debian bionic main
deb-src https://qgis.org/debian bionic main
[用https://qgis.org/debian-nightly-release 可能較好 較新有unstable版]
Terminal:
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install qgis python-qgis qgis-plugin-grass

update 時，中間有一段錯誤訊息：
W: GPG 錯誤: https://qgis.org/debian bionic InRelease: 由於無法取得它們的公鑰，以下簽章無法進行驗證： NO_PUBKEY CAEB3DC3BDF7FB45

$ wget -O - https://qgis.org/downloads/qgis-2017.gpg.key | gpg --import
$ gpg --fingerprint CAEB3DC3BDF7FB45
$ gpg --export --armor CAEB3DC3BDF7FB45 | sudo apt-key add -

$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys CAEB3DC3BDF7FB45   取得它們的公鑰

※R
Synaptics有一個 GNU r-base 3.4.4穩定版本，安裝也是 終端機執行界面
有些相關套件會要求高版本的R，例如GIS需要的rgdal、sf。如果要安裝4.0版以上，到終端機裡面：

sudo apt remove r-base   #如果已經安裝則移除舊版

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9   #公鑰

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'  #設定來源庫

sudo apt update   #以下都是更新與安裝

sudo apt-get dist-upgrade

sudo apt-get install r-base r-base-core r-recommended

※Rstudio
軟體中心安裝，done.

※Foxit reader
官網下載 *.run.tar.gz
在檔案管理中直接解壓縮到 *.run
滑鼠點2下進入安裝視窗

※Wine/WineHQ
Wine安裝之後找不到，無法執行。
改安裝WineHQ:
$ sudo dpkg --add-architecture i386
$ wget -qO- https://dl.winehq.org/wine-builds/Release.key | sudo apt-key add -
$ sudo apt-add-repository 'deb http://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ artful main'
$ sudo apt-get install --install-recommends winehq-stable

安裝後找不到程式，想安裝的windows執行檔，右鍵可見Wine工具列選項。
安裝過程式之後ClassicMenu Indicator才可見到Wine選單。

※WineHQ安裝BioEdit 7.0.5.3
正常

※WineHQ安裝DAMBE
正常

※WineHQ安裝 pdf-XChangeViewer
安裝完可以直接執行，但是關閉之後到處都找不到程式？

※GIMP
軟體中心安裝完可執行，但是1.讀不到media掛載的硬碟，錯誤訊息："Error opening directory '/media': Permission denied"
2.找不到印表機。
因為誤裝了snap版本（軟體中心/程式細節/來源：snap商店）

移除，改安裝不是sanp store 來源的選項即可，軟體中心預設是2.10.2-1 ubstable版，要裝回stable 2.8版，見以下連結：
https://askubuntu.com/questions/1051757/gimp-printing-problem-on-ubuntu/1051940

※InkScape
軟體中心安裝，done.

※XnView
安裝下載的debian可執行，但是1.滑鼠右鍵沒選項，2.讀不到media掛載的硬碟
因為誤裝了軟體中心預設唯一可見的snap版本（軟體中心/程式細節/來源：snap商店）
移除，到XnView官網下載 XnViewMP-linux-x64.deb，雙擊安裝

※Audacious
軟體中心安裝：缺少相依程式（應該是audacious-plugin的版本相容問題）
Terminal安裝:
$ sudo apt-get install audacious
done.

※AliView [代替Wine下的Bioedit]
http://ormbunkar.se/aliview/
下載: aliview.install.run
在該檔案目錄裡面執行
$ chmod +x aliview.install.run

$ sudo ./aliview.install.run
java程式，如此安裝會複製到 /usr/bin/ 與 /usr/share/aliview/，在應用程式可見選項

※UGENE Unipro [想代替Wine下的Bioedit，但是使用上不直覺，放棄 移除]
$ sudo add-apt-repository ppa:iefremov/ppa
Now, as a one-off, you should tell your system to pull down the latest list of software from ugene archive it knows about, including the PPA:
$ sudo apt-get update
Now you're ready to start installing UGENE:
$ sudo apt-get install ugene


※PAUP
http://phylosolutions.com/paup-test/
下載paup4a162_ubuntu64.gz
解壓縮得 paup4a162_ubuntu64，複製到 /usr/share/paup/
重新命名為 paup: $ mv  paup4a162_ubuntu64 paup
$ chmod +x paup
使用時在檔案所在的terminal目錄執行: $./paup

※MEGAX
Linux GUI版本，debian可下載安裝，指令：
$ sudo dpkg -i megax_10.0.4-1_amd64.deb
但出現錯誤：
解開 megax (10.0.4) 中...
dpkg: 因相依問題，無法設定 megax：
 megax 相依於 libgconf-2-4﹔然而：
  套件 libgconf-2-4 未安裝。

==>在Synaptic安裝libgconf-2-4 簡單一點
順利安裝執行MegaX

※RAxML
同RAxML

※MrBayes
原本以為過程複雜，結果其實很簡單，問題出在顯卡。
在Synaptic安裝即可，有2個版本 mrbayes 和 mrbayes-mpi，我想跑更快一點，於是安裝 mpi多核心版。執行上的問題是:
1.這程式需要 BEAGLE，
2. 需要NVIDIA顯卡（BEAST也是）：terminal 執行 mb-mpi 會正常執行，但是多一條提醒 "beignet-opencl-icd: no supported GPU found, this is probably the wrong opencl-icd package for this hardware"  ，因為我的圖形卡不是讀顯是燒在CPU上的，所以無法執行opencl。
3. chains數目＝run x chain＝cpu核心數目的倍數：我的是6核， 一定要總共6,12,18..個chain，例如6 chains:  2 run x 3 chains (1 cold + 2 heat)或是12 chains: 2 runs x 6 chains  或 4 runs  x 3 chains等等

※PHYML
在Synaptic安裝即可。terminal 執行 mb-mpi 會正常執行，但是多一條提醒 "beignet-opencl-icd: no supported GPU found, this is probably the wrong opencl-icd package for this hardware"  ，因為我的圖形卡不是讀顯是燒在CPU上的。

※BEAST
下載linux版，直接在lib目錄雙擊執行java檔，或是在terminal下執行 beast/bin裡面的檔案，例如： ./bauti