2025年7月10日 星期四

Haplotype Network經驗

 Haplotype Network經驗

1. R的幾個套件對於圖形美編,都不如以下的套裝軟體直接以及美觀。當node多的時候,總是會有較多edge或是node交叉、重疊或是聚集成叢。

[需要嘗試igraph]


2. popart:

Leigh, J. W., & Bryant, D. (2015). POPART: Full-feature software for haplotype network construction. Methods in Ecology and Evolution, 6(9), 1110–1116. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410


方法:MSN, median-joining network, TCS, ancestral MP, integer NJ net, tight span walker等

美編:可呈現比例、顏色、大小,幾乎可以直接發表或是Inkscape稍微編輯

input: nexus, phylip格式

存成:svg, pdf, png

特徵長度限制:?,Sanger定序目前夠用,若太長可以只保留有變異的位置(例如使用MEGA)

怪脾氣:檔案的所有路徑、檔名不可以有中文(Windows、Ubuntu之下執行都一樣)



3. TCS

Clement, M., Posada, D., & Crandall, K. A. (2000). TCS: A computer program to estimate gene genealogies. Molecular Ecology, 9(10), 1657–1659. https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x


方法:就是只有TCS

美編:output無法直接使用,是所有軟體裡面最差的,但是輸出成*.gml配合tcsBU就可以

input: nexus, phylip格式

存成:gml, postscript, pict


4. FastHaN:

Chi, L., Zhang, X., Xue, Y., & Chen, H. (2025). fastHaN: A fast and scalable program for constructing haplotype network for large-sample sequences. Molecular Ecology Resources, 25(5), e13829. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13829


方法:original_tcs (Clement's TCS), modified_tcs (PopART TCS), msn (PopART), mjn (PopART)。

美編:只有2個輸出檔輸出成*.gml與*.json,再將gml配合tcsBU就可以(附贈tcsBU,解壓縮之後執行index.html)

input:只吃PHYLIP格式

其他:You can use the Python script of GenNetworkConfig.py to generate two config files required by tcsBU. 

評論:只是將PopART的輸出能存成gml格式,是有市場需求的產品。可以分析genomics的大量數據


5. HapNetworkView

Chi, L., Dong, Y., Wang, R., Yang, S., Wu, L., Xue, Y., & Chen, H. (2025). HapNetworkView: A tool for haplotype network exploration and visualization. BMC Genomics, 26(1), 52. https://doi.org/10.1186/s12864-025-11206-8


方法:Java程式,容易有支援版本問題。"We integrated fastHaN to construct a haplotype network,..."

美編:可以顯示node name, link step number, color...

缺點:不能依照頻率改變node圈的大小,是依照分支數目。也沒得選方法,或是要由FastHaN的gml做美編

其他:genomics 數據大的時候可以用


6. tcsBU

Santos, AM, Cabezas MP, Tavares AI, Xavier R, Branco M (2016) tcsBU: a tool to extend TCS network layout and visualization. Bioinformatics, btv636 (doi: 10.1093/bioinformatics/btv636)


方法:就是只有美編功能。online: https://www.fc.up.pt/pessoas/amsantos/tcsBU/

input: gml

存成:svg

評論:對TCS與FastHaN而言,最重要的美編工具,能把gml格式的樹呈現幾乎可以直接發表或是Inkscape稍微編輯。

缺點:無法在圖上顯示haplotype name,如果是大量數據還是可以接受

怪脾氣:TCS的network有時候會有不連接在一起的node或是node group,不管connection limit如何設定(90-99%或是step)都很難取得完整的、好看的net,step設太高會產生複雜交錯的網路難以使用。但是改用FastHaN的 original TCS就沒有問題(但是step又無法顯示!待解決)。

先load group.csv的顏色設定,再load haplotype.csv才會顯示



總結論: 

最佳:單獨使用PopART (傳統直線形link) [繞了一圈又回到原點]。

或是 FastHaN + tcsBU (彎曲的link)  [genomics data適合用]


2025年3月7日 星期五

為什麼要"玩"呼麥

    最初的原因是因為哨音呼麥的發聲令人吃驚,它的音色令人驚豔,想試試自己能不能。

    後來玩到低音呼麥時,發現他與西藏的唱頌佛經一樣,先拋開聽不懂的佛經內容以及不是佛教徒這件事,我自己在這種低音的胸腔共鳴聲中,彷彿聽到了與古琴、與寺廟大鐘聲一樣的全身震盪,一種"彷彿"震盪到細胞裡面的按摩(彷彿而已)。

    而在練習呼麥過程,不管是技術性資料的閱讀,或是自身的身體體驗,我認為呼麥是一種值得推廣的文化,雖然以現在的知識來看,呼麥的整個流傳地理位置以及歷史都是跟北方草原民族有關,起源應該也是在草原民族,這都跟大多數的台灣人沒有關係,也跟南島語族原住民文化沒直接關係(除了口簧琴與可能的八部合音),不符合目前台灣意識的主流,但是呼麥其實很符合傳統文化中的一些面向,包括了文人、釋家、音樂、健康、武術等,以下的每一項都可以與呼麥做結合,但是要打著"嘯"的旗幟。

※文人:

    這裡的文人其實是儒道混合的這個群體。最主要的是表現在"嘯"這件事。呼麥就是嘯,或者說嘯很有可能就是呼麥這件事,有台灣中研院李豐楙在1982年所發表"嘯的傳說及其對文學的影響--以「嘯旨」為中心的綜合考察",以及中國學者范子爗考據過(范子爗 2021 自然的亲证——啸音与乐诗研究),拜讀全書加上我自己的練習經驗,可能性很高,至少呼麥是嘯的其中一種。 (可以先讀晉朝成公綏的嘯賦)

    也就是說你在古詩詞、小說中讀到的嘯、長嘯就是呼麥,文人做詩詞歌賦總喜歡胡亂嘯一下,顯得很清雅或是激昂(自行搜尋"包含嘯字的詩句"),當然大多是作者的浪漫想像,至少唐朝以後,嘯就在漢字文化圈中消失了。例如武俠小說中,洪七公、郭靖、楊過、謝遜、張無忌都長嘯過,洪七公的是"發嘯之人已近在身旁樹林之中,嘯聲忽高忽低,時而如龍吟獅吼,時而如狼嗥泉鳴,或若長風振林,或若微雨濕花,極盡千變萬化之致。"

    我延伸推測所謂龍吟虎嘯雖然很抽象、神話意味很濃厚,但是似乎可以說龍吟指的是哨音呼麥,虎嘯指的是低音呼麥(見以下武術部份)

※釋家:

    先看這一段影片:Gyuto Monks Tantric Choir: Tibetan Chants for World Peace

    至於什麼聲音與身體共振、心靈和平、促進免疫之類的就不多闡述了,聽了舒服就聽。哪天我決定要改行當神棍,我再來擴充。

《大方廣佛華嚴經卷》:「菩薩摩訶薩有十種獅子吼」。以一個純純的佛學外行人的不負責任猜測,我認為呼麥=嘯(的一種)=(某一種)獅子吼

※音樂:

    獨坐幽篁裡,彈琴復長嘯。 深林人不知,明月來相照。 (唐‧王維‧《竹里館》).

雖然沒有說是彈琴同時還長嘯合音,還是談完琴之後,又做長嘯,不過我到是很期待這種琴嘯合鳴的出現。古琴配以人聲吟唱過去早有嘗試,例如 古琴 隱山之音 范李彬 ,其他的不多推薦,很多(不是全部)都很匠氣,單純是作為背景音樂用的。

    我自己彈琴時若是配以低音呼麥在背景吟唱,其實有一種琴聲與人聲共鳴而產生的震盪和諧感,就像是中國的笙或是歐洲的風笛一樣,可以兩音以上一起出現,低音呼麥就像風笛的那一管最低音,琴聲與整個人一體的感覺,就是很舒暢(別期望我會說出什麼 天人合一、人琴合一之類的令人做噁的套話,除非哪天我決定要改行當神棍)。

※健康:

    包括兩個層面:心理與生理。心裡層次就如上面三個面向所述,健康來自心靈的放鬆。

    而生理層次就如以下武術的部份所述,再加上一個說法就是范子燁書中提到多次的:呼麥對海馬迴的刺激,防止失智這等的說法(范子燁說的,不是我說的),但是找不到文獻,所以姑妄聽之。我只"感覺"到每次鼻腔呼麥時,彷彿是把我的腦袋裡面的血管用超音波沖洗過,再多做幾次血管就快要被洗下來的東西堵住了。

※武術:

    呼麥(嘯)跟武術有關?!你是說武俠小說嗎?前面已經說過了!還是你也是練功夫練傻了,把神話當作武術了?要不要來個閃電五連鞭!(話說人家馬大師每一次有閃電五連鞭的影片出來,都被罵到流量滿滿,哪天要當武棍阿伯時也要這樣做,神棍當如是也!)

    很多武術都會發聲,例如北方的八極拳有哼哈,形意拳這一系列有各式的 嗯噫啊呵等等發聲,號稱源自少林的各種南北方拳術都有在打拳全出力時發聲助力的展示。那麼這些關係到呼麥什麼事? 見我這一篇

    武術跟聲音有關這一點是沒問題,但是不是每一種武術都得跟聲音有關,有發聲的武術未必就一定高明,沒有發聲的武術未必就是比較差殘缺失傳了什麼功法。





2024年12月30日 星期一

縮減pdf檔大小--使用ghostscript

 因應國科會上傳檔案7Mb限制,或是email上傳檔案大小限制,必須減小pdf檔大小

1. 安裝 Ghostscript: sudo apt install ghostscript

2. 指令(有點長)

gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/ebook  -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdf

檔名不要有空格、括弧


3. 解析度設定嘗試,建議: -dPDFSETTINGS=/ebook

例如:原檔8.2M

screen --> 1.4M,照片鋸齒狀,文字正常

ebook --> 2.2 M,(或是原檔含較多照片的例子: 12.1 M --> 5.7 M)照片放大超過500%才鋸齒狀,文字正常(建議採用這一個解析度)

prepress --> 8.2M,沒有變化


4. 其他不能做的pdf相關程式:pdf Chain (有壓縮工具但是沒有效果)、pdf Arranger、 Foxit Reader


5.如果懶得這樣折騰罕用程式,檔案也沒有什麼機密性,直接online有一堆網站可以幫忙做,記得挑有名大廠的官網確保安全。

2024年9月5日 星期四

關於螳螂拳的翻車

接續上一篇文章提到翻車。其實在武術中類似於反身大纏的功法,至少北派各家都有。

螳螂拳的翻車/披掛烏龍盤打(車輪):旋轉手臂練腰背、練肩,旋轉身體,練...。披掛双掄:定步前後旋轉手臂。披掛拍摔:畫八字型,一不小心就變成拍鐵砂掌。....其他我沒學過的就不知道了。

這邊專講螳螂拳的翻車就好。

初學大致就是學個活絡筋骨,旋轉手臂練腰、練肩背、練掌,具有拉筋(伸筋拔背)、活腰、定樁步,這些其實很快就可以達到一定程度。

再來就應該要強調或是說體會翻車轉身的部份,也就是向前向下掄臂,轉身成向上向後掄臂,這身手的軌跡與動態,具有靈活轉向包括手與身、活化樁步的功能,這時要多做轉身,少做上面的基本掄臂。這也是接近反身大纏的部份,但是翻車是屬於重複操作的功法,而反身大纏比較是包含多種功法的可操作拳理,也就是具體化、形象化了的拳理,或是說是基本形。

螳螂拳的翻車畢竟是外家拳,在這樣子的學習氛圍之下,會更重視像攻擊的形態的部份,例如所有的向外伸出手的動作,或打或絞,這也包括了本來向內但是因為轉身而變成向外伸出手的動作。但是等你練膩了,是該進一步思考或是問問自己的師父向內收回手的部份有沒有功能。又練膩了,也該想想由掌到肘到肩到背如何以同形動作來做近身對戰。

以右手來看:右手由向前掄->轉身->手成向後掄->再轉身->手成向前掄,就是一個伸直手臂的反身大纏。雖然其實是更像披掛的拍摔,但是是有大幅度左右轉身的拍摔,如果拍摔時身體只定在正前方,那就接近只操作一隻手的双掄,也真的容易變成練鐵砂掌拍綠豆袋了。

202412補記:所有的"拉筋"都會使骨骼間隙增加,也增加筋骨不穩定的風險。年輕時如果沒有因為過度訓練而受傷大都不會發現,但是年紀大了之後過度拉筋的後遺症就會出現,尤其因為工作或是生活型態早已經使得您的肌肉筋骨等都不再那強勁時,就更容易受傷。所以我建議,練外家拳模式的翻車動作時,不要過度旋轉腰,硬要在弓步鎖死固定腿與胯的狀況下使雙臂成前後一直線的模式不可取,也不要長時間旋臂操練。武術是要先體會正確,再來做有意義操練的。

 

2024年9月4日 星期三

流與離之島中的生生功

 近日偶然逛到Youtube上這一個影片:老衲的心意六合拳的 流與離之島中的生生功簡單介紹

我沒有買這本書,只是根據上述影片試著操作了一下,個人認為就是

1.練習所謂"彈抖勁"的功法之一,不管是外家拳的還是內家拳的彈抖勁,感覺還不錯。

2.其實也就是宗岳門太極拳裡教授的"反身大纏",可以視為一種功法。而手與身的反向運行軌跡也就是"翻裹之變"。但是畢竟"反身大纏"包含更多功法與拳理,反而是宗岳門太極拳裡教授的"背纏手"更接近,但是動作是比較小的。

至於其他影片沒有顯示出來的衍生部份我就不知道了,推測大致可以改成由指掌練到肩背、由大(橢)圓形練到小(橢)圓形、由伸直手練到彎曲肘到不用手(這裡開始要歪了)、由一隻手到兩隻手同練(這裡接近螳螂拳的翻車了)、由垂直(橢)圓形練到水平(橢)圓形再到反向垂直(橢)圓形、再把同樣的動作推到單練腿腳足、再把手與腿協調一致,這樣就夠寫一本書了。

我認為可以當背纏手的起步練法,就是由大練到小,但是還是要回歸"反身大纏"的整體概念。

[功法通常是一連串重複性的、無意識的、操作性的動作,讓身體自然的習慣某一種律動,而能在其他練習以及對戰中不加思索的做出某種合乎自家門派拳理的身體反應]

個人的經驗是,練外家拳的人,或是更限制性的說是練北方拳法的人,只要"稍微認真練",在老師不額外教彈抖勁的情況之下,大約2-3年之內就可以出彈抖勁。練南方外家拳的"震"也是一樣,只是動作更小。如果配合這一個功法,應該可以提早體會出所謂"彈抖勁"或是"震"。尤其是在一個傳武功法流失的地方或是年代。

而就內家拳而言,有些派別(尤其是那一兩個激烈一點的派別)也有類似上述外家拳的情況,也是可以拿來應用。但是更根本的問題是什麼才是內家拳,什麼才是外家拳?

就宗岳門太極拳的角度來說,這影片中的生生功雖然不是純粹的內家拳的部份(也就是外家拳應該要沒有的),但是它的確是有幫助。

心得:我應該也要拿我學到的功法,一種寫一本小書,可以湊個至少50本吧。就好像學術界,為了因應KPI般的評鑑制度,把可以發表成一篇大而重要的期刊文章的數據,拆成多個部份各自發表成多篇小文章,總體KPI的數值就會增加。





2024年8月30日 星期五

人間道 《三大隊》主題曲

 人間道 《三大隊》主題曲

詞  唐恬       曲  彭飛

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我要走穿這條命去看雪蘭花

我要踏破這雙鞋光腳平風沙

我要白日見雲霞夜裡舉火把

我要這朗朗乾坤下  事事有王法

苦雨江頭風波惡

做人一生坎坷多

兄弟我心頭上有件事兒啊

不見孟婆不得過

自古黑白分顏色

別扯放下就成佛

好人都未必能有好報啊

那壞人憑啥享安樂

為一口氣 為一個理

為一場祭 老子走到底

我要出了門的人再晚也歸家

我要天上落的雨 又回到天上

我要吃這一口飯 守這一野荒

我要這人間所有道 都在青天下

嫩草怕霜霜怕日

惡人還需犟人磨

我是你殺生得來的報啊

也是你重生的因果

為一口氣 為一個理

為一場祭 老子走到底

我要走穿這條命去看雪蘭花

我要踏破這雙鞋光腳平風沙

我要白日見雲霞夜裡舉火把

我要這朗朗乾坤下事事有王法

我要出了門的人再晚也歸家

我要天上落的雨  又回到天上

我要吃這一口飯  守這一野荒

我要這人間所有道都在青天下

我要鑿過井的人  兜裡有鹽巴

我要那虧過心的鬼  目中有王法

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1. 無關政治,無關警察,只關學術界

2. 把王法改成國法,"王法"總覺太封建、太獨裁,太imperial,有種等待聖人、依賴聖人的懶人味兒。"...智慧出,有大偽..."(老子)

3. 雪蘭花:雪蘭又稱水硃砂,是四川有名的“紅、白”二草之 一的白草(百度)

4. 雖然前幾句歌詞有那那麼一點點的氣勢或是"中二",就像被惡搞之後的《悟空傳》台詞 "我要這天,再遮不住我眼;要這地,再埋不了我心;要這眾生,都明白我意;要那諸佛,都煙消雲散",但是在醉裏挑燈看劍卻是恰恰好。




2024年6月25日 星期二