2019年9月21日 星期六

關於站樁這件事

看書或是網路的教學影片,幾乎不管是教什麼拳一開始都會有一段是教你如何站樁,也就是馬步、弓步、虛步等等的固定姿勢,也許各家會使用不同的名稱,但是大致都是相同的形狀。

以馬步為例,小時候練拳,老師教練只會要求蹲馬步的手腳姿勢、角度、呼吸,但是不會跟你說怎樣站,就是站就對了。只是時間可能會逐步拉長到30分鐘之類的,於是在時間長度要求的壓力下,要生存就得自己找方法,學生時代找出來的方法有正的有歪的,歪的像是偷偷站高高、左右腳輪流受力等等,這是人的本能不必我教。至於正的方法,就是要如何維持姿勢正確下的拉長時間,以我偷偷懶懶斷斷續續的蹲到第二、第三年才抓到輕鬆的骨架位置,讓肉掛在那裡就好了,而根據更資深的師兄說還可以更輕鬆的站,要繼續進步云云。

在宗岳門太極拳中唯一學到的'偏向'靜態的樁是渾圓樁,外型很像在蹲馬步,但是一來他不是靜態的,是一直在調整的,二來不是腳上在蹲馬步,而是在站樁,是樁不是步;第三是老師只給你一句話、一個想像,我只要稍做嘗試練習,立刻就站進去了。我自己教學時也是發現完全初學的學生在一到六個月之內就看得出來他站出心得來了。

這就是所謂的心法,心裡面的方法,以意識協助運作肢體的方法。以前苦蹲馬步,我只能領悟到"開",以宗岳門太極拳的心法,領悟到"開合"、"靜"。心法老師會不會、教不教,影響很大。就像李仲軒逝去的武林說的,老師不想教就說個放鬆啊、氣啊、努力啊的話,就唬的學生樂呵呵地苦蹲馬步。

[小結論:蹲馬步不等於站樁;蹲馬步的外型包含於站樁之中]


2019年9月2日 星期一

QGIS 3.4以不同填充顏色的標籤代表不同類別

在QGIS 加入Delimited text layer畫出採樣地點的分佈圖,希望依據某種分類方式,例如依據不同物種(或是親緣關係的分支)給予樣點符號的背景不同顏色, (其他圖層或是文字等element也類似)。

1. 加入新圖層Delimited text layer,匯入文字檔,如檔案 Formosana.csv的前幾行:
specimen_no,GPS_Y,GPS_X,Alt,Label_No,Label_Site,Species
16521,25.147726,121.775199,50,1,JlLG,Fsw
15859,25.138637,121.424243,420,2,XbGYS,Ffr
......

2.在 Layer Styling 點選"abc" 按鈕/ Label with "Label_No"/ 子選單Background: 打勾Draw Background/ Fill Color點右邊像選單的按鈕/ Edit,



會跳出視窗,在Expression視窗中輸入
字串例子:
case
when  "Species" = 'Fsw' then  color_rgb(255,255,255)
when  "Species" = 'Fht' then  color_rgb(255,255,0)
.......
else  color_rgb(192,192,192) 
end

或是另一種數字例子:

case
when  "Label_No" <=10 then  color_rgb(255,0,0)
when  "Label_No" =11 then  color_rgb(0,255,0)
when  "Label_No" >= 12 AND "Label_No" <= 20 then color_rgb(0, 0, 255)
end

修改之後Fill Color右邊像選單的按鈕會變成有顏色的ε符號。

結果如下:



註:
(1) else這一列不一定要。
(2) "Species" 是Formosa.csv裡的 Attribute Table的欄位(變數)名稱,用双引號,大小寫都認得。
(3) 'Fsw'單引號裡是該欄位裡的具體的數值或是字串,文字一定要單引號,數字不需要單引號(例如:"Label_No" >= 12),除非數字可以被視為文字(Label_No" =11)。
(4) color_rgb(r,g,b)  是RGB的色碼,只能0-255。太多顏色的話視覺上分辨不太出來,效果不佳,我常用的15個顏色參考:
黑:(0,0,0)
灰:(192,192,192)
白:(255,255,255)
紅:(255,0,0)
橙:(255,97,0)
黃:(255,255,0)
金黃:(255,215,0)
棕:(128,42,42)
暗綠:(48,128,20)
綠:(0,255,0)
淺綠:(124,252,0)
深藍:(25,25,112)
藍:(0,0,255)
青:(0,255,255)
紫:(160,32,240)

3. 其他常用的功能如改文字顏色也是一樣,在  Text子選單修改(有字母abc)。例如背景色太深色,字體可能要改成白色或是淺色。

4. fill color 的background可以改變Opacity,讓底圖透明出現一點,但是Label的顏色區別就會降低。

5. 另一種方法是一個分類類群做一個csv檔,匯入成一個新圖層,比較麻煩。

6. 變更符號形狀的expression:
case
when  "species" = 'B' then  'triangle' 
when  "species" = 'E' then  'circle' 
when  "species" = 'W' then  'square' 
end

2019年8月23日 星期五

NCBI submission--上傳基因序列備忘

NCBI submission -- 上傳基因序列備忘
[NCBI系統一直在更新,這是2019 summer的紀錄]

1. 先到Submission Portal的新網頁,導覽比較清楚: https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/onboarding/
我是以Google帳號進入,缺點是他會一直默認Gmail是你的primary email,每次的修改只要一重新登入就復原
Sequin將逐漸停用:"NCBI is phasing out support of the Sequin submission tool. Please submit your data using BankIt, Submission Portal or tbl2asn."所以直接都線上操作即可,不須要下載Sequin操作。

2. 16s, 5.8S-its2-28S: 會導引到GenBank / Submit ribosomal RNA (rRNA), rRNA-ITS, Influenza or Norovirus sequences.
   coi等:會導引到 BankIt / Submit nucleotide sequences from any organism, including mRNA, genomic DNA, organelle, ncRNA, plasmids, other viruses, phages and synthetic constructs.

3. 都只要準備fasta檔即可,說明裡說要準備 modifier檔與feature annotation檔都不必(例外見以下第5-6點),而Fasta檔最低資訊的格式如下:
>seqID  [organism=...] [isolate=...]
例如:
>IGSD11884e [organism=Aegista mackensii] [isolate=IGSD11884e]
TATATAATTTTTGGGGTATGATGTGGA....
>BJ2451 [organism=Acusta ravida] [isolate=BJ2451]
TACATACTGTTTGGTGTGTGGTGTGGT.....

[注意]
(1) seqID就用isolate,以我的樣本編碼系統而言這樣比較清楚,不必改成seq1, seq2, ....
(2) modifier只要包括 [organism=...] [isolate=...]即可,不需要另外準備modifier檔案,除非真的很想提供更多資訊給GenBank使用者,我是沒那麼熱心,有興趣請閱讀並引用我的著作。
(3) modifier [organism=...] [isolate=....]之間要空格
(4) [isolate=....]的後面不要再加入任何optional descriptive title,例如"mitochondrial COI gene for cytochrome oxidase subunit 1, partial cds",反正每個負責的人會把它改成他個人喜歡的樣子,乾脆空白留給他去做。
(5) 記得把原來align之後產生的gap符號刪掉,比較單純。
(6) 其他格式的疑問見https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53702/,以及其他官網,但是注意不同時期的官網似乎有些說法不一致,例如modifier [organism=...] [isolate=....]之間空不空格

4. 系統會自己去找5.8S-its2-28S各基因的起始終結位置,不需要自己做feature annotation檔案

5. 唯一要先準備的feature是COI等有 protein product 的translation frame (1, 2 or 3)。
   只有一個gene時,feature的設定選擇藉由填入form設定。
   E.C. number不填入也無所謂。

6. 使用BankIt中如果包括多基因或是intron,例如Histone3-spacer-Histone4,則要準備feature table比較方便

7. 操作過程每個系統都會逐步給建議,隨時可以停止登出,每一次只要有按下"continue"按鈕,系統就會儲存,下次進來選擇繼續未完成的submission即可由最後畫面繼續編輯。

8. 送出後如果有問題系統負責人會 email聯絡,主要遇過的是學名不在他們的系統中,軟體動物看來是有參考World Register of Marine Species (WoRMS),可能情況有:
(1)該學名沒建檔,你可以提供相關文獻給他們。如果是你尚未發表的新種,一開始Fasta檔裡就填入[organism=Aegista sp. n.]或是[organism=Aegista sp.],然後把isolate定義清楚讓自己知道哪個新種是那一條序列
(2)可能是你學名拼錯了:承認拼錯請他們修正,不必重新上傳。
(3)系統的學名跟你的使用不同,可能你錯或是系統錯,或是有更複雜的分類學問題。如果明顯是系統錯,你可以提供最新的相關文獻給他們。如果怕麻煩,就接受系統目前現有的學名拼法、亞種位階或是屬級分類,請他們修正我的資料,說等發表分類訂正後再通知他們修改,不過看GenBank上的資料就知道大多數人都不回頭修改的,這只是客套話。

2019年8月20日 星期二

PartitionFinder

1. 到 http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/ 下載,解壓縮到想要的目錄
2. 先準備2個檔案放在同一個目錄,例如以下的例子是3gene目錄:
 (1)DNA 序列檔: PHYLIP 格式,例如以下的例子是 3gene.phy
 (2)partition檔:檔名一定是partition_finder.cfg,內容如下依樣修改,設定的細節參考手冊,#裡面的說明留著備忘:

# ALIGNMENT FILE #
alignment = 3gene.phy;
# BRANCHLENGTHS #
branchlengths = linked;
# MODELS OF EVOLUTION #
models = mrbayes;
model_selection = bic;
# DATA BLOCKS #
[data_blocks]
16S = 1-313;
COI_pos1 = 314-918\3;
COI_pos2 = 315-918\3;
COI_pos3 = 316-918\3;
ITS2 = 919-1455;
# SCHEMES #
[schemes]
search = greedy;

3. 到terminal,直接key in:  python,然後檔案把解壓縮PartitionFinder的目錄裡面的PartitionFinder.py檔以滑鼠拖到terminal,再把準備的2個檔案的目錄以滑鼠拖進terminal,2個中間會自動空一格,看起來類似像這樣:
Ubuntu18:$ python '/media/linghu/data1T/程式/partitionfinder-2.1.1/PartitionFinder.py' '/media/linghu/data1T/systematics/DNA/partitionfinder/3gene'

4. enter執行即可
5. 結果會在2個檔案的目錄產生一個log.txt以及一個analysis目錄,直接看analysis目錄裡面的best_scheme.txt檔即可,裡面也提供 MrBayes的語法,以及其它程式的建議。

心得:
1. 其實有些人認為不需要分那麼細,GTR已經包括了所有的狀況,讓程式的參數來改變即可,現代的電腦運算速度也都夠快。
2. 有些人認為model不要設I,例如RAxml的作者。我的數據常常只要加 I就會得到奇怪的結果。
3. 在BEAST中設定 model參數可以加快達到穩定的時間,PartitionFinder沒有細部設定,所以不如直接用jmodeltest,每個基因執行一次也花不了多少時間。

2019年4月1日 星期一

古琴右手落絃位置

書上有各種說法,大至就是在岳山向一徽之間的某處,如 1/2,3/5,四指幅等等,其實初學者自己要試試看用同一指法在各絃從岳山彈到7徽,你就知道各絃各徽位的鬆緊、軟硬、費力程度、音色差異,向右則硬緊剛亮,向左則軟鬆柔悶,每張琴也都不一樣。

初學彈就照書上的位置,乖乖的習慣一個固定位置。等到曲子也都熟練了,左右手也都自然習慣了,然後覺得這一首曲子這樣子彈開始無聊了,不要急著學下一首,先試試改變落絃位置,看看能不能更符合你的情緒表達,或是改變你對這首曲子原來的感覺。

例如流水的第一段泛音,我後來喜歡落指在一二徽之間,一來這會使得我的新琴聲音比較像"古"琴,有"老聲",二來我的琴的聲音會有一種在石灰岩洞裡聽滴水聲的感覺。但是第二段重複高八度的泛音,就回到原來的一徽之右的位置,取其清亮也。

2019年1月30日 星期三

關於內家與外家這件事2之--大家都想當內家拳

比較:"少林以拳勇名天下,然主於搏人,人亦得以乘之。有所謂內家者,以靜制動,犯者應手即仆,故別少林為外家":
所以外家是偏向主動進擊,搶先手,而內家偏向以靜制動,所以外觀上是不主動搶攻的,屬於後發先制(不是後發先至),還要應手即仆,又是要摔人。

如果把以上幾項戰鬥特色之中,所謂"少林拳"也差不多可以辦到的扣掉,還剩下什麼?可以扣除的有:
打趴幾十個,但是體力要夠好;
會奪刀,但是比較不會看到自己丟掉刀;
大家都宣稱有點穴,雖然現代人都沒看過;
摔跌技法大家多少都有;
少林的可炫之技可多了。

剩下什麼:
外觀上是不主動搶攻
打人輕鬆
動作外形很小或很普通,一點都不炫
控制敵人一路到末梢的手指或是腳底(所以會摔倒、掉刀)
喜歡摔人
一瞬間就結束
最後還有一個很可疑的點穴或是打穴。

以上是"張三峰"那一派的的內家拳定義與特色,後來只要局部符合這些特色的都會被稱為內家拳,像是太極拳、形意拳、八卦掌是民初北方大師共認(不是公認,因為不是政府或相關機關認定的 [雖然公認也是有很大的問題])的三大內家拳流派,後來通臂拳說他們也是,後來福建與台灣的鶴拳說他們也是(或是王薌齋說他們是),後來有人在四明恢復了"內家拳"這個門派拳種(注意:不是直接傳承,也不是復原或是找回來,而是根據"拳譜、拳書"重新創造),後來有練氣功的少林拳說他們也是,後來八極拳說他們是由外練到內,所以他們也是內家拳,後來有人說合氣道也是,後來有人說柔術也是,後來公園裡面練氣功也是.....

所以這是怎麼一回事?

小結論: 大家都想當內家拳!

x

2018年12月26日 星期三

關於內家與外家這件事1

我們先來看看維基怎說的:

"「內家拳」一詞最早出現於黃宗羲作於康熙八年(1669年)的《南雷文案》一書中《王征南墓誌銘》"

這也是大多數的書裡面提到內家拳時採用的第一個定義以及歷史淵源。

王征南墓誌銘裡面的描述:
定義:"有所謂內家者,以靜制動,犯者應手即仆"

起源:"蓋起於宋之張三峰。"所以有人說不是明朝的張三豐,所以不是太極拳。

戰鬥特色:"征南遂逸出。數十人追之。皆殕地[註:跌倒],匍匐不能起......":
能一路邊跑邊打趴幾十個人,最基本至少要自己不會累垮,而且還要敵人爬不起來才可以,但是敵人並沒有死。

"營兵拔刀擬之。征南手格,而營兵自擲仆地,鏗然刀墮,如是者數人..........":
要能空手入白刃,而且對手看起來是自己倒地,然後刀就掉到地上。

"凡搏人者,皆以其穴。死穴,暈穴,啞穴,一切如銅人圖法。有惡少侮之者,為征南所擊。其人數日不溺,踵門謝過,始得如故.............":
還要會點穴,而且是中醫銅人的穴道,不是打筋或是擒拿拆卸關節。

"...征南不得已而應。教師被跌,請復之,再跌,而流血被面......":
試手常讓對手跌扑,而且要跌得滿臉滿頭血,所以是讓對手腦袋著地或是擦地的打法。

"余嘗與之入天童,僧山燄有膂力,四五人不能掣其手,稍近征南,則蹶然負痛............":
稍微碰到就喊痛,這如果先排除氣功,似乎在接觸之際旋轉輕磕一下,可以辦到。不知道這個"稍近"是指稍一碰觸還是指實際的施技。依照這個故事的場景,是四五個人都抓不住和尚的手臂,可以想像和尚兩臂各吊起二個人的搞笑樣子,或是比腕力的場景。主角一出場一抓住他的手或是小臂一接觸,和尚就痛得唉唉叫,擒拿或是牽引可以辦到。

"征南曰:「今人以內家無可炫耀。於是以外家攙入之,此學行當衰矣!」":
可炫耀之技是哪些?在那個時代,套路門派大約是在明末清初大量形成,所以內家如果有套路好歹也可以炫耀,所以應該是沒有套路。

要沒有炫技,以目前在台灣武術表演裡面能看到的炫技有高腿、飛腿、劈腿、拉筋、折腰、騰空、跳躍、劈磚破木、硬氣功(槍刺喉、釘床、耳吊重物)、指力、快速、套路、對練等等,總之就是一些"硬"、"快"等特技,這些都沒有。

而且一旦參入,內家就毀了。