直接加入新印表機，會找不到驅動程式，要改安裝 Xerox Phraser 6000(或6010)系列的驅動程式。
安裝完，必要時重開機，開啟印表機電源，到系統設定值/裝置/印表機/加入（新印表機），/印表機詳細資料/從資料庫選擇，找到並點選Xerox Phraser 6010n(或6000B)即可。
以下安裝 Xerox Phraser 6000(或6010)系列的驅動程式的說明：
sudo apt-get install cups csh
sudo mkdir -p /var/spool/lpd
sudo mkdir -p /usr/share/cups/model
sudo apt-get install lib32stdc++6 lib32z1 lib32ncurses5 libbz2-1.0:i386
[網路上的舊資料是lib32bz2-1.0，已經被取代為libbz2-1.0:i386，要改安裝這一個]
mkdir -p Downloads/xerox/
cd Downloads/xerox/
wget http://media-cdn.ubuntu-de.org/forum/attachments/04/26/5758477-libcupsys2_1.3.0_all.deb -O libcupsys2_1.3.0_all.deb
[網路上的舊網址是http://media.cdn......]
wget https://media-cdn.ubuntu-de.org/forum/attachments/30/46/6146487-libcupsys2-gnutls10_1.3.0_all.deb -O libcupsys2-gnutls10_1.3.0_all.deb
sudo dpkg -i libcupsys2*
wget http://download.support.xerox.com/pub/drivers/6000/drivers/linux/en_GB/6000_6010_deb_1.01_20110210.zip
unzip 60*
cd deb_1.01_20110210/
sudo dpkg -i --force-architecture xerox-phaser*.deb
sudo apt-get install libcupsimage2:i386
system-config-printer
選擇Xerox> Phaser 6010N
※以下沒試過，備用：
對於ubuntu 16.04（如果它不起作用，並在刪除印表機後）：用以下代碼替換最後2行：
sudo apt-get install libcupsimage2:i386 libstdc++6:i386
system-config-printer
2018年8月24日 星期五
2018年8月13日 星期一
彈古琴為什麼要正襟危坐
彈古琴為什麼老師會要求要正襟危坐，不是看起來比較正經，符合孔子說的席不正不坐，割不正不食。也不是為了要看起來比較假掰，一副山人高高在上的感覺。
其實就是一個不會受傷的彈琴姿勢而已。姿勢不正彈奏樂器久了就會受傷，鋼琴、小提琴、二胡都是這樣子。主要是來自身體部份肌群因為不正當的位置，造成其他部位的肌群或是筋膜必須緊張用力來補回所需要的力道。右手撥絃所需力道較小，有可以借鄰絃的力，所以不費力。但是左手按絃、走絃都要確實，否則琴音會虛掉，這時就容易用錯力。
所以彈琴時雙腳要平踩在地面借力，雙膝雙腿自然左右微開（像馬步的概念）或是前後微錯開（像弓步的概念）才可以傳導力道，不要因為是女生就並腿斜擺一副美姿狀，腰椎不要前彎後突，胸椎不要因為低頭看絃而駝背，雙肩不可緊張聳起，頸椎也不可以前突或是低頭（就是螢幕猿人的姿勢），必須看絃就以垂簾的方式看，也就是眼神往下看但是不低頭，頂多微微低頭而已，要達到這樣的要求，就關係到琴的高低和椅子的高低（就是人與琴的相對高度），以及身體與琴的距離。
琴太高可以不必低頭，但是會聳肩。琴太低或是太近就得低頭看絃，手腕就會下折翹掌。琴太遠可以不低頭，但是雙手要前伸彈琴，手會酸，無法彈大曲，或是久練。所以彈琴時，先把琴桌琴椅和人的高度與距離調對，這在各本琴書教學中都有提到，這裡不多說，只說書裡沒提到的。
接下來是把自己的姿勢調正，最簡單的方法就是宗岳門太極拳所採用的西山懸磬心法，其實就是虛領頂勁，但是我不採用虛領頂勁這個詞是因為虛領頂勁的解釋太多種了，有些說法是不同於西山懸磬，會搞亂掉。
西山懸磬就是把自己的頭頂最高點，不要硬扯到中醫或是氣功的百會穴，最好就是頭骨後上方開始要往後腦下去的轉彎處，想像頭髮被往上垂直拉上去，由上而下拉到頸椎、胸椎、腰椎都直了（請不要真的拿尺來量是不是直的）。頸椎直了外表看起來像收下顎，但是收下顎是果，只收下顎頸椎也不一定會直，胸椎直了外表看起來像微挺胸，腰椎直了外表看起來像收小腹。繼續往上拉，屁股也彷彿要脫離椅子了，這時屁股和大小腿會稍微用力好讓屁股脫離椅子，這時調整大小腿與腳掌的位置使最輕鬆可以讓屁股好像要脫離椅子。然後把大小腿的力放掉，屁股坐好，然後把脊椎骨由下往上一節一節放上去，像疊疊樂或是組裝樂高一樣，最後把頭骨裝上去，大功告成。
就是這種狀態，整個人就像風鈴一樣掛在窗邊，只要微風一吹就會搖動一般，這就是「西山懸磬」。[不要去管別人把西山懸磬解釋成清靜之音的這種說法]。彈琴是這樣，練站氣功是這樣，練坐氣功是這樣，練太極拳也是這樣，用電腦也是這樣。
其實就是一個不會受傷的彈琴姿勢而已。姿勢不正彈奏樂器久了就會受傷，鋼琴、小提琴、二胡都是這樣子。主要是來自身體部份肌群因為不正當的位置，造成其他部位的肌群或是筋膜必須緊張用力來補回所需要的力道。右手撥絃所需力道較小，有可以借鄰絃的力，所以不費力。但是左手按絃、走絃都要確實，否則琴音會虛掉，這時就容易用錯力。
所以彈琴時雙腳要平踩在地面借力，雙膝雙腿自然左右微開（像馬步的概念）或是前後微錯開（像弓步的概念）才可以傳導力道，不要因為是女生就並腿斜擺一副美姿狀，腰椎不要前彎後突，胸椎不要因為低頭看絃而駝背，雙肩不可緊張聳起，頸椎也不可以前突或是低頭（就是螢幕猿人的姿勢），必須看絃就以垂簾的方式看，也就是眼神往下看但是不低頭，頂多微微低頭而已，要達到這樣的要求，就關係到琴的高低和椅子的高低（就是人與琴的相對高度），以及身體與琴的距離。
琴太高可以不必低頭，但是會聳肩。琴太低或是太近就得低頭看絃，手腕就會下折翹掌。琴太遠可以不低頭，但是雙手要前伸彈琴，手會酸，無法彈大曲，或是久練。所以彈琴時，先把琴桌琴椅和人的高度與距離調對，這在各本琴書教學中都有提到，這裡不多說，只說書裡沒提到的。
接下來是把自己的姿勢調正，最簡單的方法就是宗岳門太極拳所採用的西山懸磬心法，其實就是虛領頂勁，但是我不採用虛領頂勁這個詞是因為虛領頂勁的解釋太多種了，有些說法是不同於西山懸磬，會搞亂掉。
西山懸磬就是把自己的頭頂最高點，不要硬扯到中醫或是氣功的百會穴，最好就是頭骨後上方開始要往後腦下去的轉彎處，想像頭髮被往上垂直拉上去，由上而下拉到頸椎、胸椎、腰椎都直了（請不要真的拿尺來量是不是直的）。頸椎直了外表看起來像收下顎，但是收下顎是果，只收下顎頸椎也不一定會直，胸椎直了外表看起來像微挺胸，腰椎直了外表看起來像收小腹。繼續往上拉，屁股也彷彿要脫離椅子了，這時屁股和大小腿會稍微用力好讓屁股脫離椅子，這時調整大小腿與腳掌的位置使最輕鬆可以讓屁股好像要脫離椅子。然後把大小腿的力放掉，屁股坐好，然後把脊椎骨由下往上一節一節放上去，像疊疊樂或是組裝樂高一樣，最後把頭骨裝上去，大功告成。
就是這種狀態，整個人就像風鈴一樣掛在窗邊，只要微風一吹就會搖動一般，這就是「西山懸磬」。[不要去管別人把西山懸磬解釋成清靜之音的這種說法]。彈琴是這樣，練站氣功是這樣，練坐氣功是這樣，練太極拳也是這樣，用電腦也是這樣。
2018年8月9日 星期四
古琴保養：古琴平日不彈的時候如何放置
有原位平放以及掛在牆上兩種方式。
1.平放方便，蓋上一片琴被或是布巾就可以防塵。
有一說，平放會使琴身彎曲拱起，所以應該掛牆上，我的琴放了6-7年了，還沒有彎掉，所以應該可以不需要擔心這一點。
2.掛牆上: 美觀、省空間，但是每次彈琴都要搬來搬去。
在牆上釘堅固一點的金屬彎曲掛衣鉤，掛的時候岳山（琴軫）朝下，掛鉤勾在鳳沼裡面，如果怕金屬鉤勾傷木料，可以在鉤子上包覆一些布料或是泡綿。
由於雁足突出會頂住牆壁，使琴身不能自然地垂直地面，可以先釘一定厚度的木條在牆上，再把掛鉤釘在突出的木條上。就跟樂器行或是古琴教室的方法一樣，可以去現場或是網路上參觀參考。
不管那一種收法，都不必鬆開琴弦（有一說：琴弦張力容易使琴身變形，所以要鬆開絃），一來琴身沒有那麼容易變形，二來每次都要大幅度調絃很麻煩。
不管那一種收法，都一定要避免日曬或是風口直吹，例如窗戶邊。隔著琴被曬也不行。風吹日曬雨淋都會傷害琴身。
至於收到琴盒更是不必要，琴盒是用來搬運時保護琴的，不是日常收納琴的。
1.平放方便，蓋上一片琴被或是布巾就可以防塵。
有一說，平放會使琴身彎曲拱起，所以應該掛牆上，我的琴放了6-7年了，還沒有彎掉，所以應該可以不需要擔心這一點。
2.掛牆上: 美觀、省空間，但是每次彈琴都要搬來搬去。
在牆上釘堅固一點的金屬彎曲掛衣鉤，掛的時候岳山（琴軫）朝下，掛鉤勾在鳳沼裡面，如果怕金屬鉤勾傷木料，可以在鉤子上包覆一些布料或是泡綿。
由於雁足突出會頂住牆壁，使琴身不能自然地垂直地面，可以先釘一定厚度的木條在牆上，再把掛鉤釘在突出的木條上。就跟樂器行或是古琴教室的方法一樣，可以去現場或是網路上參觀參考。
不管那一種收法，都不必鬆開琴弦（有一說：琴弦張力容易使琴身變形，所以要鬆開絃），一來琴身沒有那麼容易變形，二來每次都要大幅度調絃很麻煩。
不管那一種收法，都一定要避免日曬或是風口直吹，例如窗戶邊。隔著琴被曬也不行。風吹日曬雨淋都會傷害琴身。
至於收到琴盒更是不必要，琴盒是用來搬運時保護琴的，不是日常收納琴的。
2018年8月6日 星期一
滴水槍起勢練反身小纏
這裡說的滴水槍起勢是指一般外面看到的六合槍在槍尖著地之後的那兩動。
練反身小纏，包括了手指尖上的無力鑽、推船、直臂小纏、擰轉使肘尖朝上、反身、單重、踏枝、再虎坐、手的托推，等一系列重點。
動作熟練度可以藉由滴水反身單練，手上的感覺可以藉由槍尖不丟來練。練習時可以將槍尖架高，例如放在窗台或是桌上，或是戳在鐵臂樁的孔中，大約腰部-胸部高度，槍尖頂牆，全部動作過程槍尖不可離開牆壁。槍尖不像指尖有神經，容易晃來晃去。
至於踏枝要照槍法踏在側面或是正後方則是小事了。主要是看手的感覺要踏多大步。
這麼練主要是要讓練習好玩一點。
手上沒有槍的時候就練練過槍：以反身小纏的方式從敵槍（敵手）下方由一邊鑽到另一邊。
這也是四路苗刀每次轉身預備式藏刀時在練的東西，而不是單純的轉身藏刀而已。
練反身小纏，包括了手指尖上的無力鑽、推船、直臂小纏、擰轉使肘尖朝上、反身、單重、踏枝、再虎坐、手的托推，等一系列重點。
動作熟練度可以藉由滴水反身單練，手上的感覺可以藉由槍尖不丟來練。練習時可以將槍尖架高，例如放在窗台或是桌上，或是戳在鐵臂樁的孔中，大約腰部-胸部高度，槍尖頂牆，全部動作過程槍尖不可離開牆壁。槍尖不像指尖有神經，容易晃來晃去。
至於踏枝要照槍法踏在側面或是正後方則是小事了。主要是看手的感覺要踏多大步。
這麼練主要是要讓練習好玩一點。
手上沒有槍的時候就練練過槍：以反身小纏的方式從敵槍（敵手）下方由一邊鑽到另一邊。
這也是四路苗刀每次轉身預備式藏刀時在練的東西，而不是單純的轉身藏刀而已。
2018年7月19日 星期四
新機安裝雙系統紀錄Ubuntu 18.04與 windows 10
※新組裝桌機硬體：
240G SSD
1TB SATA
Intel(R) Core(TM) i5-8500 CPU @ 3.00GHz
RAM 8G一條
※
1.先安裝Windows 10在SSD，給約88G，裝完Win10 需要 13.5G，再加上Office 2016, Chrome共再用掉 4G，總共約19G，因為Win幾乎沒在用，所以以後應該切50G就夠了。
2.剩下的140G全給Ubuntu，剛裝完Ubuntu18.04用掉 10G，裝完以下所有的程式，含Ubuntu總共用掉23G。
3.安裝Windows 10與Ubuntu18.04都是用UEFI+GPT安裝，用 Windows的Rufus燒錄Live USB可以選擇UEFI+GPT only
4.安裝Ubuntu18.04之前在BIOS關閉 1. windows快速啟動, 2. secure boot
5.Ubuntu18.04 只切出swap （12G）和root分割，因為home也只是放圖片影音檔而已，我自己有備份。而程式等等每次系統重灌再重新安裝即可。對外行人來說，事情也單純一點。
※安裝過程中有時需要 修改 /etc/apt/sources.list，無法取得它們的公鑰
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 公鑰號碼，例如以下是r-cloud的公鑰：
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
※所有應用程式的捷徑
usr/share/applications
這裡就列出了ubuntu中所有應用程式的捷徑，
※Thunderbird
把信件移一移，收信伺服器設定好即可。
※Chrome
軟體中心安裝，done.
※Zotero 5 (代替EndNote)
軟體中心沒有，自行安裝太麻煩，在terminal執行：
sudo add-apt-repository ppa:smathot/cogscinl
sudo apt-get update
sudo apt-get install zotero-standalone
記得把舊資料庫和文獻庫的連結重設
※WPS Office 2016 （代替MS Office / OpenOffice / LibreOffice）
1.libpng12-0，Ubuntu 18.04有 16-16，但不相容？還要重裝12-0之後才能裝WPS Office
2.安裝WPS font
3.MS font貼上在 /usr/share ，自己加個MSfont目錄
※Viking
軟體中心安裝
已經下載的地圖檔在 home/.viking-maps
圖資（經建版等地圖等）連結檔 map.xml 放在 /usr/share/viking/maps.xml
※QGIS
編輯 /etc/apt/sources.list
加在最後
deb https://qgis.org/debian bionic main
deb-src https://qgis.org/debian bionic main
[用https://qgis.org/debian-nightly-release 可能較好 較新有unstable版]
Terminal:
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install qgis python-qgis qgis-plugin-grass
update 時，中間有一段錯誤訊息：
W: GPG 錯誤: https://qgis.org/debian bionic InRelease: 由於無法取得它們的公鑰，以下簽章無法進行驗證： NO_PUBKEY CAEB3DC3BDF7FB45
$ wget -O - https://qgis.org/downloads/qgis-2017.gpg.key | gpg --import
$ gpg --fingerprint CAEB3DC3BDF7FB45
$ gpg --export --armor CAEB3DC3BDF7FB45 | sudo apt-key add -
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys CAEB3DC3BDF7FB45 取得它們的公鑰
※R
Synaptics有一個 GNU r-base 3.4.4穩定版本，安裝也是 終端機執行界面
有些相關套件會要求高版本的R，例如GIS需要的rgdal、sf。如果要安裝4.0版以上，到終端機裡面：
※Rstudio
軟體中心安裝，done.
※Foxit reader
官網下載 *.run.tar.gz
在檔案管理中直接解壓縮到 *.run
滑鼠點2下進入安裝視窗
※Wine/WineHQ
Wine安裝之後找不到，無法執行。
改安裝WineHQ:
$ sudo dpkg --add-architecture i386
$ wget -qO- https://dl.winehq.org/wine-builds/Release.key | sudo apt-key add -
$ sudo apt-add-repository 'deb http://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ artful main'
$ sudo apt-get install --install-recommends winehq-stable
安裝後找不到程式，想安裝的windows執行檔，右鍵可見Wine工具列選項。
安裝過程式之後ClassicMenu Indicator才可見到Wine選單。
※WineHQ安裝BioEdit 7.0.5.3
正常
※WineHQ安裝DAMBE
正常
※WineHQ安裝 pdf-XChangeViewer
安裝完可以直接執行，但是關閉之後到處都找不到程式？
※GIMP
軟體中心安裝完可執行，但是1.讀不到media掛載的硬碟，錯誤訊息："Error opening directory '/media': Permission denied"
2.找不到印表機。
因為誤裝了snap版本（軟體中心/程式細節/來源：snap商店）
移除，改安裝不是sanp store 來源的選項即可，軟體中心預設是2.10.2-1 ubstable版，要裝回stable 2.8版，見以下連結：
https://askubuntu.com/questions/1051757/gimp-printing-problem-on-ubuntu/1051940
※InkScape
軟體中心安裝，done.
※XnView
安裝下載的debian可執行，但是1.滑鼠右鍵沒選項，2.讀不到media掛載的硬碟
因為誤裝了軟體中心預設唯一可見的snap版本（軟體中心/程式細節/來源：snap商店）
移除，到XnView官網下載 XnViewMP-linux-x64.deb，雙擊安裝
※Audacious
軟體中心安裝：缺少相依程式（應該是audacious-plugin的版本相容問題）
Terminal安裝:
$ sudo apt-get install audacious
done.
※AliView [代替Wine下的Bioedit]
http://ormbunkar.se/aliview/
下載: aliview.install.run
在該檔案目錄裡面執行
$ chmod +x aliview.install.run
$ sudo ./aliview.install.run
java程式，如此安裝會複製到 /usr/bin/ 與 /usr/share/aliview/，在應用程式可見選項
※UGENE Unipro [想代替Wine下的Bioedit，但是使用上不直覺，放棄 移除]
$ sudo add-apt-repository ppa:iefremov/ppa
Now, as a one-off, you should tell your system to pull down the latest list of software from ugene archive it knows about, including the PPA:
$ sudo apt-get update
Now you're ready to start installing UGENE:
$ sudo apt-get install ugene
※PAUP
http://phylosolutions.com/paup-test/
下載paup4a162_ubuntu64.gz
解壓縮得 paup4a162_ubuntu64，複製到 /usr/share/paup/
重新命名為 paup: $ mv paup4a162_ubuntu64 paup
$ chmod +x paup
使用時在檔案所在的terminal目錄執行: $./paup
※MEGAX
Linux GUI版本，debian可下載安裝，指令：
$ sudo dpkg -i megax_10.0.4-1_amd64.deb
但出現錯誤：
解開 megax (10.0.4) 中...
dpkg: 因相依問題，無法設定 megax：
megax 相依於 libgconf-2-4﹔然而：
套件 libgconf-2-4 未安裝。
==>在Synaptic安裝libgconf-2-4 簡單一點
順利安裝執行MegaX
※RAxML
同RAxML
※MrBayes
原本以為過程複雜，結果其實很簡單，問題出在顯卡。
在Synaptic安裝即可，有2個版本 mrbayes 和 mrbayes-mpi，我想跑更快一點，於是安裝 mpi多核心版。執行上的問題是:
1.這程式需要 BEAGLE，
2. 需要NVIDIA顯卡（BEAST也是）：terminal 執行 mb-mpi 會正常執行，但是多一條提醒 "beignet-opencl-icd: no supported GPU found, this is probably the wrong opencl-icd package for this hardware" ，因為我的圖形卡不是讀顯是燒在CPU上的，所以無法執行opencl。
3. chains數目＝run x chain＝cpu核心數目的倍數：我的是6核， 一定要總共6,12,18..個chain，例如6 chains: 2 run x 3 chains (1 cold + 2 heat)或是12 chains: 2 runs x 6 chains 或 4 runs x 3 chains等等
※PHYML
在Synaptic安裝即可。terminal 執行 mb-mpi 會正常執行，但是多一條提醒 "beignet-opencl-icd: no supported GPU found, this is probably the wrong opencl-icd package for this hardware" ，因為我的圖形卡不是讀顯是燒在CPU上的。
※BEAST
下載linux版，直接在lib目錄雙擊執行java檔，或是在terminal下執行 beast/bin裡面的檔案，例如： ./bauti
240G SSD
1TB SATA
Intel(R) Core(TM) i5-8500 CPU @ 3.00GHz
RAM 8G一條
※
1.先安裝Windows 10在SSD，給約88G，裝完Win10 需要 13.5G，再加上Office 2016, Chrome共再用掉 4G，總共約19G，因為Win幾乎沒在用，所以以後應該切50G就夠了。
2.剩下的140G全給Ubuntu，剛裝完Ubuntu18.04用掉 10G，裝完以下所有的程式，含Ubuntu總共用掉23G。
3.安裝Windows 10與Ubuntu18.04都是用UEFI+GPT安裝，用 Windows的Rufus燒錄Live USB可以選擇UEFI+GPT only
4.安裝Ubuntu18.04之前在BIOS關閉 1. windows快速啟動, 2. secure boot
5.Ubuntu18.04 只切出swap （12G）和root分割，因為home也只是放圖片影音檔而已，我自己有備份。而程式等等每次系統重灌再重新安裝即可。對外行人來說，事情也單純一點。
6.要給Ubuntu18與Windows10共用的資料區分割，如果是在Windows裡切的，最好到Ubuntu磁碟重新格式化一次，雖然都是NTFS格式，但是不會發生在Ubuntu不能讀寫也不能修改讀寫權限的問題，而在Windows自然可以讀寫。事情會比較簡單，但是功力不會增加。
※安裝過程中有時需要 修改 /etc/apt/sources.list，無法取得它們的公鑰
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 公鑰號碼，例如以下是r-cloud的公鑰：
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
※所有應用程式的捷徑
usr/share/applications
這裡就列出了ubuntu中所有應用程式的捷徑，
※Thunderbird
把信件移一移，收信伺服器設定好即可。
※Chrome
軟體中心安裝，done.
※Zotero 5 (代替EndNote)
軟體中心沒有，自行安裝太麻煩，在terminal執行：
sudo add-apt-repository ppa:smathot/cogscinl
sudo apt-get update
sudo apt-get install zotero-standalone
記得把舊資料庫和文獻庫的連結重設
※WPS Office 2016 （代替MS Office / OpenOffice / LibreOffice）
1.libpng12-0，Ubuntu 18.04有 16-16，但不相容？還要重裝12-0之後才能裝WPS Office
2.安裝WPS font
3.MS font貼上在 /usr/share ，自己加個MSfont目錄
※Viking
軟體中心安裝
已經下載的地圖檔在 home/.viking-maps
圖資（經建版等地圖等）連結檔 map.xml 放在 /usr/share/viking/maps.xml
※QGIS
編輯 /etc/apt/sources.list
加在最後
deb https://qgis.org/debian bionic main
deb-src https://qgis.org/debian bionic main
[用https://qgis.org/debian-nightly-release 可能較好 較新有unstable版]
Terminal:
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install qgis python-qgis qgis-plugin-grass
update 時，中間有一段錯誤訊息：
W: GPG 錯誤: https://qgis.org/debian bionic InRelease: 由於無法取得它們的公鑰，以下簽章無法進行驗證： NO_PUBKEY CAEB3DC3BDF7FB45
$ wget -O - https://qgis.org/downloads/qgis-2017.gpg.key | gpg --import
$ gpg --fingerprint CAEB3DC3BDF7FB45
$ gpg --export --armor CAEB3DC3BDF7FB45 | sudo apt-key add -
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys CAEB3DC3BDF7FB45 取得它們的公鑰
※R
Synaptics有一個 GNU r-base 3.4.4穩定版本，安裝也是 終端機執行界面
有些相關套件會要求高版本的R，例如GIS需要的rgdal、sf。如果要安裝4.0版以上，到終端機裡面：
sudo apt remove r-base #如果已經安裝則移除舊版
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 #公鑰
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/' #設定來源庫
sudo apt update #以下都是更新與安裝
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get install r-base r-base-core r-recommended
※Rstudio
軟體中心安裝，done.
※Foxit reader
官網下載 *.run.tar.gz
在檔案管理中直接解壓縮到 *.run
滑鼠點2下進入安裝視窗
※Wine/WineHQ
Wine安裝之後找不到，無法執行。
改安裝WineHQ:
$ sudo dpkg --add-architecture i386
$ wget -qO- https://dl.winehq.org/wine-builds/Release.key | sudo apt-key add -
$ sudo apt-add-repository 'deb http://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ artful main'
$ sudo apt-get install --install-recommends winehq-stable
安裝後找不到程式，想安裝的windows執行檔，右鍵可見Wine工具列選項。
安裝過程式之後ClassicMenu Indicator才可見到Wine選單。
※WineHQ安裝BioEdit 7.0.5.3
正常
※WineHQ安裝DAMBE
正常
※WineHQ安裝 pdf-XChangeViewer
安裝完可以直接執行，但是關閉之後到處都找不到程式？
※GIMP
軟體中心安裝完可執行，但是1.讀不到media掛載的硬碟，錯誤訊息："Error opening directory '/media': Permission denied"
2.找不到印表機。
因為誤裝了snap版本（軟體中心/程式細節/來源：snap商店）
移除，改安裝不是sanp store 來源的選項即可，軟體中心預設是2.10.2-1 ubstable版，要裝回stable 2.8版，見以下連結：
https://askubuntu.com/questions/1051757/gimp-printing-problem-on-ubuntu/1051940
※InkScape
軟體中心安裝，done.
※XnView
安裝下載的debian可執行，但是1.滑鼠右鍵沒選項，2.讀不到media掛載的硬碟
因為誤裝了軟體中心預設唯一可見的snap版本（軟體中心/程式細節/來源：snap商店）
移除，到XnView官網下載 XnViewMP-linux-x64.deb，雙擊安裝
※Audacious
軟體中心安裝：缺少相依程式（應該是audacious-plugin的版本相容問題）
Terminal安裝:
$ sudo apt-get install audacious
done.
※AliView [代替Wine下的Bioedit]
http://ormbunkar.se/aliview/
下載: aliview.install.run
在該檔案目錄裡面執行
$ chmod +x aliview.install.run
$ sudo ./aliview.install.run
java程式，如此安裝會複製到 /usr/bin/ 與 /usr/share/aliview/，在應用程式可見選項
※UGENE Unipro [想代替Wine下的Bioedit，但是使用上不直覺，放棄 移除]
$ sudo add-apt-repository ppa:iefremov/ppa
Now, as a one-off, you should tell your system to pull down the latest list of software from ugene archive it knows about, including the PPA:
$ sudo apt-get update
Now you're ready to start installing UGENE:
$ sudo apt-get install ugene
※PAUP
http://phylosolutions.com/paup-test/
下載paup4a162_ubuntu64.gz
解壓縮得 paup4a162_ubuntu64，複製到 /usr/share/paup/
重新命名為 paup: $ mv paup4a162_ubuntu64 paup
$ chmod +x paup
使用時在檔案所在的terminal目錄執行: $./paup
※MEGAX
Linux GUI版本，debian可下載安裝，指令：
$ sudo dpkg -i megax_10.0.4-1_amd64.deb
但出現錯誤：
解開 megax (10.0.4) 中...
dpkg: 因相依問題，無法設定 megax：
megax 相依於 libgconf-2-4﹔然而：
套件 libgconf-2-4 未安裝。
==>在Synaptic安裝libgconf-2-4 簡單一點
順利安裝執行MegaX
※RAxML
同RAxML
※MrBayes
原本以為過程複雜，結果其實很簡單，問題出在顯卡。
在Synaptic安裝即可，有2個版本 mrbayes 和 mrbayes-mpi，我想跑更快一點，於是安裝 mpi多核心版。執行上的問題是:
1.這程式需要 BEAGLE，
2. 需要NVIDIA顯卡（BEAST也是）：terminal 執行 mb-mpi 會正常執行，但是多一條提醒 "beignet-opencl-icd: no supported GPU found, this is probably the wrong opencl-icd package for this hardware" ，因為我的圖形卡不是讀顯是燒在CPU上的，所以無法執行opencl。
3. chains數目＝run x chain＝cpu核心數目的倍數：我的是6核， 一定要總共6,12,18..個chain，例如6 chains: 2 run x 3 chains (1 cold + 2 heat)或是12 chains: 2 runs x 6 chains 或 4 runs x 3 chains等等
※PHYML
在Synaptic安裝即可。terminal 執行 mb-mpi 會正常執行，但是多一條提醒 "beignet-opencl-icd: no supported GPU found, this is probably the wrong opencl-icd package for this hardware" ，因為我的圖形卡不是讀顯是燒在CPU上的。
※BEAST
下載linux版，直接在lib目錄雙擊執行java檔，或是在terminal下執行 beast/bin裡面的檔案，例如： ./bauti
2018年7月6日 星期五
雙系統開機選單修復（Windows+Ubuntu）
症狀：重灌Windows之後Ubuntu選單不見了，會直接進入Windows
一、Ubuntu 14.04 (+Windows 7)
別在折騰一堆terminal指令了
1.下載boot repair disk 的iso檔，燒錄成live USB
可以使用 GRUB-Customizer 刪除[沒試過]
sudo add-apt-repository ppa:danielrichter2007/grub-customizer
sudo apt-get update
sudo apt-get install grub-customizer
附註：如果先在Windows裡面使用easyBCD123之類的程式做開機管理，還是會看不到Ubuntu，反而會在Ubuntu開機選單修復之後，如果進Windows還要多選一次系統。
一、Ubuntu 14.04 (+Windows 7)
別在折騰一堆terminal指令了
1.下載boot repair disk 的iso檔，燒錄成live USB
2.以此USB開機，點選進入，依照預設做修復即可
3.以Ubuntu重新開機，就會看到Ubuntu的紫色GRUB畫面，但是沒有Windows
4.到Terminal執行
$sudo update-grub
找到 linux 映像檔：/boot/vmlinuz-4.4.0-93-generic
找到 initrd 映像檔：/boot/initrd.img-4.4.0-93-generic
Found memtest86+ image: /boot/memtest86+.elf
Found memtest86+ image: /boot/memtest86+.bin
找到 Windows 7 (loader) [於 /dev/sda1]
找到 Windows 7 (loader) [於 /dev/sda2]
完成
找到 linux 映像檔：/boot/vmlinuz-4.4.0-93-generic
找到 initrd 映像檔：/boot/initrd.img-4.4.0-93-generic
Found memtest86+ image: /boot/memtest86+.elf
Found memtest86+ image: /boot/memtest86+.bin
找到 Windows 7 (loader) [於 /dev/sda1]
找到 Windows 7 (loader) [於 /dev/sda2]
完成
5.再重新開機，顯示找到2個Windows (loader)： [ /dev/sda1] [於 /dev/sda2]
Windows 7 (loader) 有2，因為Boot-repair複製了一個sda1到sda2，建議不要刪除sda2的（就是不熟悉Linux才用這個程式的）。
Windows 7 (loader) 有2，因為Boot-repair複製了一個sda1到sda2，建議不要刪除sda2的（就是不熟悉Linux才用這個程式的）。
可以使用 GRUB-Customizer 刪除[沒試過]
sudo add-apt-repository ppa:danielrichter2007/grub-customizer
sudo apt-get update
sudo apt-get install grub-customizer
附註：如果先在Windows裡面使用easyBCD123之類的程式做開機管理，還是會看不到Ubuntu，反而會在Ubuntu開機選單修復之後，如果進Windows還要多選一次系統。
二、Ubuntu 18.04（+Windows 10）
開機直接出現Ubuntu選單，毫無影響。雖然安裝Windows過程有格式化安裝分割，但是沒有動到其他分割，所以沒事。
開機直接出現Ubuntu選單，毫無影響。雖然安裝Windows過程有格式化安裝分割，但是沒有動到其他分割，所以沒事。
訂閱：
文章 (Atom)