2019年11月10日 星期日

跑步和走路

跑步的時候,空中就已經做好捲落了,外形上看起來的確是腳跟先著地,但是因為一沾即走,所以又不是腳跟著地,從頭到尾腳跟都沒有受力,就不會受傷。地面是不動的,你跟地面直接撞擊就是双重。

想像頑皮豹卡通,每次他要逃跑躲避天上掉來的東西時,都會在原地跑步的場景[這裡缺一張圖]。

從腳跟一直運用到腳尖,甚至到鞋尖,才可以使用到每一個接觸點,不白做動作,盡可能把所有的能量把身體前推,而不是往上跳、或是腳掌往左右扭動或是擰轉、或是往上反震消耗在身體的關節上。這是沾粘不脫,這是入四掌點(只是不入虎口)。

這很奇怪,游泳的時候都會努力學著用最有效率的方式把身體往前推,跑步的時候就不會了。可能是因為沒有老師的關係吧,因為大家都以為走路跑步誰不會,不必人教!或是只是想消耗體力而已。

有的教法是說"像腳向後踢",其實這是外在的表現型,捲落才是基因型。

省力歸省力,快是快,心肺能力還是要跟上,否則也跑不遠。

先從走路開始,速度比較慢比較容易體會。走著走著會發現如果再加上一些要求,就會接近八卦的淌泥步,這是另外一件事了。

總之:捲落 + 一沾即走 + 沾粘不脫 + 入四掌點

補充:用這種跑法,腳掌會貼近地面,也就是著地時腳掌與地面的夾角比較小,在操場跑沒什麼問題,如果是在台灣凹凸不平的馬路或是人行道上跑的話,要有意識的稍微抬高腳步,否則會被絆倒。
再補充:同事告訴我用這種心態跑步和走路的時候,會讓他原本有輕微外八字的腳掌恢復朝前,雖然沒辦法隨時都保持這種意念而正常,至少不會因為長期外八字走路跑步而造成膝蓋和腳腿部的問題。而且順帶的走路時膝蓋內側會自動的輕微接觸,不再會腳開開的走路或是跑步。

2019年10月27日 星期日

當學生準備好的時候,老師就會出現


"當學生準備好的時候,老師就會出現"

我們常會聽到這一句話,而我還想要補充一句" 其實老師一直就在你身邊"。 

當你開始思考鬆柔能不能應用實戰的時候,你才會去找有沒有鬆柔實戰的老師,如果你還是一直在想著依靠肌肉的力量產生的速度,那你就會一直往肌肉、力量、速度的方向去尋找,尤其在這一個網路的時代,你的這些關鍵字就會把你帶到力量的方向,然後就是肌肉的方向或是發勁的方向。 如果你把關鍵字改成鬆柔或是大鬆大柔,你自然就會找到你需要的老師,但是可能必須是你天生比較柔弱,或是等你受傷了、老了你才會知道天生的力量有多麼的不可靠。
 
而事實上這些老師他們一直都在那邊,只是你一直選擇忽略他們而已,因為你還沒有準備好要接受他們的想法與指導。 

大鬆大柔的太極拳是這樣子,你不相信大鬆大柔可以應敵,你就不會去注意這樣子的老師,你只會一直注意到天下武功唯快不破、唯硬不破,然後一直追求如何快、硬。我當兵的時候在桃園八德,每天可以上下班,但是我卻不知道在三十分鐘車程之外的中壢,有一個大鬆大柔的太極拳老師,因為我根本還沒有想到大鬆大柔這件事。

你在大學裡遇到的那些專業的老師是這樣子, 你對某些老師的領域沒有興趣,那麼你對他講的話和上的課可能也只是能及格就可以了。

你還沒有開始想要學古琴, 那你就根本不會在網站上看到台中孔廟有古琴的課程,或是台中至少有三位古琴的老師。

人生的體會也是這樣子,你還沒有經歷過的,長輩與前輩再怎麼叮嚀你,其實你都聽不進去,因為我們只是平凡的人,學而知之都有點困難了,只能靠困而知之了。 

當學生準備好的時候,老師就會出現,因為其實老師一直就在你身邊,等著你。


2019年9月21日 星期六

關於站樁這件事

看書或是網路的教學影片,幾乎不管是教什麼拳一開始都會有一段是教你如何站樁,也就是馬步、弓步、虛步等等的固定姿勢,也許各家會使用不同的名稱,但是大致都是相同的形狀。

以馬步為例,小時候練拳,老師教練只會要求蹲馬步的手腳姿勢、角度、呼吸,但是不會跟你說怎樣站,就是站就對了。只是時間可能會逐步拉長到30分鐘之類的,於是在時間長度要求的壓力下,要生存就得自己找方法,學生時代找出來的方法有正的有歪的,歪的像是偷偷站高高、左右腳輪流受力等等,這是人的本能不必我教。至於正的方法,就是要如何維持姿勢正確下的拉長時間,以我偷偷懶懶斷斷續續的蹲到第二、第三年才抓到輕鬆的骨架位置,讓肉掛在那裡就好了,而根據更資深的師兄說還可以更輕鬆的站,要繼續進步云云。

在宗岳門太極拳中唯一學到的'偏向'靜態的樁是渾圓樁,外型很像在蹲馬步,但是一來他不是靜態的,是一直在調整的,二來不是腳上在蹲馬步,而是在站樁,是樁不是步;第三是老師只給你一句話、一個想像,我只要稍做嘗試練習,立刻就站進去了。我自己教學時也是發現完全初學的學生在一到六個月之內就看得出來他站出心得來了。

這就是所謂的心法,心裡面的方法,以意識協助運作肢體的方法。以前苦蹲馬步,我只能領悟到"開",以宗岳門太極拳的心法,領悟到"開合"、"靜"。心法老師會不會、教不教,影響很大。就像李仲軒逝去的武林說的,老師不想教就說個放鬆啊、氣啊、努力啊的話,就唬的學生樂呵呵地苦蹲馬步。

[小結論:蹲馬步不等於站樁;蹲馬步的外型包含於站樁之中]


2019年9月2日 星期一

QGIS 3.4以不同填充顏色的標籤代表不同類別

在QGIS 加入Delimited text layer畫出採樣地點的分佈圖,希望依據某種分類方式,例如依據不同物種(或是親緣關係的分支)給予樣點符號的背景不同顏色, (其他圖層或是文字等element也類似)。

1. 加入新圖層Delimited text layer,匯入文字檔,如檔案 Formosana.csv的前幾行:
specimen_no,GPS_Y,GPS_X,Alt,Label_No,Label_Site,Species
16521,25.147726,121.775199,50,1,JlLG,Fsw
15859,25.138637,121.424243,420,2,XbGYS,Ffr
......

2.在 Layer Styling 點選"abc" 按鈕/ Label with "Label_No"/ 子選單Background: 打勾Draw Background/ Fill Color點右邊像選單的按鈕/ Edit,



會跳出視窗,在Expression視窗中輸入
字串例子:
case
when  "Species" = 'Fsw' then  (color_rgb(255,255,255)
when  "Species" = 'Fht' then  (color_rgb(255,255,0))
.......
else  color_rgb(192,192,192) 
end

或是另一種數字例子:

case
when  "Label_No" <=10 then  color_rgb(255,0,0)
when  "Label_No" =11 then  color_rgb(0,255,0)
when  "Label_No" >= 12 AND "Label_No" <= 20 then color_rgb(0, 0, 255)
end

修改之後Fill Color右邊像選單的按鈕會變成有顏色的ε符號。

結果如下:



註:
(1) else這一列不一定要。
(2) "Species" 是Formosa.csv裡的 Attribute Table的欄位(變數)名稱,用双引號,大小寫都認得。
(3) 'Fsw'單引號裡是該欄位裡的具體的數值或是字串,文字一定要單引號,數字不需要單引號(例如:"Label_No" >= 12),除非數字可以被視為文字(Label_No" =11)。
(4) color_rgb(r,g,b)  是RGB的色碼,只能0-255。太多顏色的話視覺上分辨不太出來,效果不佳,我常用的15個顏色參考:
黑:(0,0,0)
灰:(192,192,192)
白:(255,255,255)
紅:(255,0,0)
橙:(255,97,0)
黃:(255,255,0)
金黃:(255,215,0)
棕:(128,42,42)
暗綠:(48,128,20)
綠:(0,255,0)
淺綠:(124,252,0)
深藍:(25,25,112)
藍:(0,0,255)
青:(0,255,255)
紫:(160,32,240)

3. 其他常用的功能如改文字顏色也是一樣,在  Text子選單修改(有字母abc)。例如背景色太深色,字體可能要改成白色或是淺色。

4. fill color 的background可以改變Opacity,讓底圖透明出現一點,但是Label的顏色區別就會降低。

5. 另一種方法是一個分類類群做一個csv檔,匯入成一個新圖層,比較麻煩。

2019年8月23日 星期五

NCBI submission--上傳基因序列備忘

NCBI submission -- 上傳基因序列備忘
[NCBI系統一直在更新,這是2019 summer的紀錄]

1. 先到Submission Portal的新網頁,導覽比較清楚: https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/onboarding/
我是以Google帳號進入,缺點是他會一直默認Gmail是你的primary email,每次的修改只要一重新登入就復原
Sequin將逐漸停用:"NCBI is phasing out support of the Sequin submission tool. Please submit your data using BankIt, Submission Portal or tbl2asn."所以直接都線上操作即可,不須要下載Sequin操作。

2. 16s, 5.8S-its2-28S: 會導引到GenBank / Submit ribosomal RNA (rRNA), rRNA-ITS, Influenza or Norovirus sequences.
   coi等:會導引到 BankIt / Submit nucleotide sequences from any organism, including mRNA, genomic DNA, organelle, ncRNA, plasmids, other viruses, phages and synthetic constructs.

3. 都只要準備fasta檔即可,說明裡說要準備 modifier檔與feature annotation檔都不必(例外見以下第5-6點),而Fasta檔最低資訊的格式如下:
>seqID  [organism=...] [isolate=...]
例如:
>IGSD11884e [organism=Aegista mackensii] [isolate=IGSD11884e]
TATATAATTTTTGGGGTATGATGTGGA....
>BJ2451 [organism=Acusta ravida] [isolate=BJ2451]
TACATACTGTTTGGTGTGTGGTGTGGT.....

[注意]
(1) seqID就用isolate,以我的樣本編碼系統而言這樣比較清楚,不必改成seq1, seq2, ....
(2) modifier只要包括 [organism=...] [isolate=...]即可,不需要另外準備modifier檔案,除非真的很想提供更多資訊給GenBank使用者,我是沒那麼熱心,有興趣請閱讀並引用我的著作。
(3) modifier [organism=...] [isolate=....]之間要空格
(4) [isolate=....]的後面不要再加入任何optional descriptive title,例如"mitochondrial COI gene for cytochrome oxidase subunit 1, partial cds",反正每個負責的人會把它改成他個人喜歡的樣子,乾脆空白留給他去做。
(5) 記得把原來align之後產生的gap符號刪掉,比較單純。
(6) 其他格式的疑問見https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53702/,以及其他官網,但是注意不同時期的官網似乎有些說法不一致,例如modifier [organism=...] [isolate=....]之間空不空格

4. 系統會自己去找5.8S-its2-28S各基因的起始終結位置,不需要自己做feature annotation檔案

5. 唯一要先準備的feature是COI等有 protein product 的translation frame (1, 2 or 3)。
   只有一個gene時,feature的設定選擇藉由填入form設定。
   E.C. number不填入也無所謂。

6. 使用BankIt中如果包括多基因或是intron,例如Histone3-spacer-Histone4,則要準備feature table比較方便

7. 操作過程每個系統都會逐步給建議,隨時可以停止登出,每一次只要有按下"continue"按鈕,系統就會儲存,下次進來選擇繼續未完成的submission即可由最後畫面繼續編輯。

8. 送出後如果有問題系統負責人會 email聯絡,主要遇過的是學名不在他們的系統中,軟體動物看來是有參考World Register of Marine Species (WoRMS),可能情況有:
(1)該學名沒建檔,你可以提供相關文獻給他們。如果是你尚未發表的新種,一開始Fasta檔裡就填入[organism=Aegista sp. n.]或是[organism=Aegista sp.],然後把isolate定義清楚讓自己知道哪個新種是那一條序列
(2)可能是你學名拼錯了:承認拼錯請他們修正,不必重新上傳。
(3)系統的學名跟你的使用不同,可能你錯或是系統錯,或是有更複雜的分類學問題。如果明顯是系統錯,你可以提供最新的相關文獻給他們。如果怕麻煩,就接受系統目前現有的學名拼法、亞種位階或是屬級分類,請他們修正我的資料,說等發表分類訂正後再通知他們修改,不過看GenBank上的資料就知道大多數人都不回頭修改的,這只是客套話。

2019年8月20日 星期二

PartitionFinder

1. 到 http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/ 下載,解壓縮到想要的目錄
2. 先準備2個檔案放在同一個目錄,例如以下的例子是3gene目錄:
 (1)DNA 序列檔: PHYLIP 格式,例如以下的例子是 3gene.phy
 (2)partition檔:檔名一定是partition_finder.cfg,內容如下依樣修改,設定的細節參考手冊,#裡面的說明留著備忘:

# ALIGNMENT FILE #
alignment = 3gene.phy;
# BRANCHLENGTHS #
branchlengths = linked;
# MODELS OF EVOLUTION #
models = mrbayes;
model_selection = bic;
# DATA BLOCKS #
[data_blocks]
16S = 1-313;
COI_pos1 = 314-918\3;
COI_pos2 = 315-918\3;
COI_pos3 = 316-918\3;
ITS2 = 919-1455;
# SCHEMES #
[schemes]
search = greedy;

3. 到terminal,直接key in:  python,然後檔案把解壓縮PartitionFinder的目錄裡面的PartitionFinder.py檔以滑鼠拖到terminal,再把準備的2個檔案的目錄以滑鼠拖進terminal,2個中間會自動空一格,看起來類似像這樣:
Ubuntu18:$ python '/media/linghu/data1T/程式/partitionfinder-2.1.1/PartitionFinder.py' '/media/linghu/data1T/systematics/DNA/partitionfinder/3gene'

4. enter執行即可
5. 結果會在2個檔案的目錄產生一個log.txt以及一個analysis目錄,直接看analysis目錄裡面的best_scheme.txt檔即可,裡面也提供 MrBayes的語法,以及其它程式的建議。

心得:
1. 其實有些人認為不需要分那麼細,GTR已經包括了所有的狀況,讓程式的參數來改變即可,現代的電腦運算速度也都夠快。
2. 有些人認為model不要設I,例如RAxml的作者。我的數據常常只要加 I就會得到奇怪的結果。
3. 在BEAST中設定 model參數可以加快達到穩定的時間,PartitionFinder沒有細部設定,所以不如直接用jmodeltest,每個基因執行一次也花不了多少時間。

2019年4月1日 星期一

古琴右手落絃位置

書上有各種說法,大至就是在岳山向一徽之間的某處,如 1/2,3/5,四指幅等等,其實初學者自己要試試看用同一指法在各絃從岳山彈到7徽,你就知道各絃各徽位的鬆緊、軟硬、費力程度、音色差異,向右則硬緊剛亮,向左則軟鬆柔悶,每張琴也都不一樣。

初學彈就照書上的位置,乖乖的習慣一個固定位置。等到曲子也都熟練了,左右手也都自然習慣了,然後覺得這一首曲子這樣子彈開始無聊了,不要急著學下一首,先試試改變落絃位置,看看能不能更符合你的情緒表達,或是改變你對這首曲子原來的感覺。

例如流水的第一段泛音,我後來喜歡落指在一二徽之間,一來這會使得我的新琴聲音比較像"古"琴,有"老聲",二來我的琴的聲音會有一種在石灰岩洞裡聽滴水聲的感覺。但是第二段重複高八度的泛音,就回到原來的一徽之右的位置,取其清亮也。

2019年1月30日 星期三

關於內家與外家這件事2之--大家都想當內家拳

比較:"少林以拳勇名天下,然主於搏人,人亦得以乘之。有所謂內家者,以靜制動,犯者應手即仆,故別少林為外家":
所以外家是偏向主動進擊,搶先手,而內家偏向以靜制動,所以外觀上是不主動搶攻的,屬於後發先制(不是後發先至),還要應手即仆,又是要摔人。

如果把以上幾項戰鬥特色之中,所謂"少林拳"也差不多可以辦到的扣掉,還剩下什麼?可以扣除的有:
打趴幾十個,但是體力要夠好;
會奪刀,但是比較不會看到自己丟掉刀;
大家都宣稱有點穴,雖然現代人都沒看過;
摔跌技法大家多少都有;
少林的可炫之技可多了。

剩下什麼:
外觀上是不主動搶攻
打人輕鬆
動作外形很小或很普通,一點都不炫
控制敵人一路到末梢的手指或是腳底(所以會摔倒、掉刀)
喜歡摔人
一瞬間就結束
最後還有一個很可疑的點穴或是打穴。

以上是"張三峰"那一派的的內家拳定義與特色,後來只要局部符合這些特色的都會被稱為內家拳,像是太極拳、形意拳、八卦掌是民初北方大師共認(不是公認,因為不是政府或相關機關認定的 [雖然公認也是有很大的問題])的三大內家拳流派,後來通臂拳說他們也是,後來福建與台灣的鶴拳說他們也是(或是王薌齋說他們是),後來有人在四明恢復了"內家拳"這個門派拳種(注意:不是直接傳承,也不是復原或是找回來,而是根據"拳譜、拳書"重新創造),後來有練氣功的少林拳說他們也是,後來八極拳說他們是由外練到內,所以他們也是內家拳,後來有人說合氣道也是,後來有人說柔術也是,後來公園裡面練氣功也是.....

所以這是怎麼一回事?

小結論: 大家都想當內家拳!

x