Haplotype Network經驗

 Haplotype Network經驗

1. R的幾個套件對於圖形美編，都不如以下的套裝軟體直接以及美觀。當node多的時候，總是會有較多edge或是node交叉、重疊或是聚集成叢。

[需要嘗試igraph]

2. popart:

Leigh, J. W., & Bryant, D. (2015). POPART: Full-feature software for haplotype network construction. Methods in Ecology and Evolution, 6(9), 1110–1116. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410

方法：MSN, median-joining network, TCS, ancestral MP, integer NJ net, tight span walker等

美編：可呈現比例、顏色、大小，幾乎可以直接發表或是Inkscape稍微編輯

input: nexus, phylip格式

存成：svg, pdf, png

特徵長度限制：？，Sanger定序目前夠用，若太長可以只保留有變異的位置（例如使用MEGA）

怪脾氣：檔案的所有路徑、檔名不可以有中文（Windows、Ubuntu之下執行都一樣）

3. TCS

Clement, M., Posada, D., & Crandall, K. A. (2000). TCS: A computer program to estimate gene genealogies. Molecular Ecology, 9(10), 1657–1659. https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.2000.01020.x

方法：就是只有TCS

美編：output無法直接使用，是所有軟體裡面最差的，但是輸出成*.gml配合tcsBU就可以

input: nexus, phylip格式

存成：gml, postscript, pict

4. FastHaN:

Chi, L., Zhang, X., Xue, Y., & Chen, H. (2025). fastHaN: A fast and scalable program for constructing haplotype network for large-sample sequences. Molecular Ecology Resources, 25(5), e13829. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13829

方法：original_tcs (Clement's TCS), modified_tcs (PopART TCS), msn (PopART), mjn (PopART)。

美編：只有2個輸出檔輸出成*.gml與*.json，再將gml配合tcsBU就可以（附贈tcsBU，解壓縮之後執行index.html）

input:只吃PHYLIP格式

其他：You can use the Python script of GenNetworkConfig.py to generate two config files required by tcsBU. 

評論：只是將PopART的輸出能存成gml格式，是有市場需求的產品。可以分析genomics的大量數據

5. HapNetworkView

Chi, L., Dong, Y., Wang, R., Yang, S., Wu, L., Xue, Y., & Chen, H. (2025). HapNetworkView: A tool for haplotype network exploration and visualization. BMC Genomics, 26(1), 52. https://doi.org/10.1186/s12864-025-11206-8

方法：Java程式，容易有支援版本問題。"We integrated fastHaN to construct a haplotype network,..."

美編：可以顯示node name, link step number, color...

缺點：不能依照頻率改變node圈的大小，是依照分支數目。也沒得選方法，或是要由FastHaN的gml做美編

其他：genomics 數據大的時候可以用

6. tcsBU

Santos, AM, Cabezas MP, Tavares AI, Xavier R, Branco M (2016) tcsBU: a tool to extend TCS network layout and visualization. Bioinformatics, btv636 (doi: 10.1093/bioinformatics/btv636)

方法：就是只有美編功能。online: https://www.fc.up.pt/pessoas/amsantos/tcsBU/

input: gml

存成：svg

評論：對TCS與FastHaN而言，最重要的美編工具，能把gml格式的樹呈現幾乎可以直接發表或是Inkscape稍微編輯。

缺點：無法在圖上顯示haplotype name，如果是大量數據還是可以接受

怪脾氣：TCS的network有時候會有不連接在一起的node或是node group，不管connection limit如何設定（90-99％或是step）都很難取得完整的、好看的net，step設太高會產生複雜交錯的網路難以使用。但是改用FastHaN的 original TCS就沒有問題(但是step又無法顯示！待解決)。

先load group.csv的顏色設定，再load haplotype.csv才會顯示

總結論： 

最佳：單獨使用PopART (傳統直線形link) [繞了一圈又回到原點]。

或是 FastHaN + tcsBU (彎曲的link)  [genomics data適合用]

為什麼要"玩"呼麥

    最初的原因是因為哨音呼麥的發聲令人吃驚，它的音色令人驚豔，想試試自己能不能。

    後來玩到低音呼麥時，發現他與西藏的唱頌佛經一樣，先拋開聽不懂的佛經內容以及不是佛教徒這件事，我自己在這種低音的胸腔共鳴聲中，彷彿聽到了與古琴、與寺廟大鐘聲一樣的全身震盪，一種"彷彿"震盪到細胞裡面的按摩（彷彿而已）。

    而在練習呼麥過程，不管是技術性資料的閱讀，或是自身的身體體驗，我認為呼麥是一種值得推廣的文化，雖然以現在的知識來看，呼麥的整個流傳地理位置以及歷史都是跟北方草原民族有關，起源應該也是在草原民族，這都跟大多數的台灣人沒有關係，也跟南島語族原住民文化沒直接關係（除了口簧琴與可能的八部合音），不符合目前台灣意識的主流，但是呼麥其實很符合傳統文化中的一些面向，包括了文人、釋家、音樂、健康、武術等，以下的每一項都可以與呼麥做結合，但是要打著"嘯"的旗幟。

※文人：

    這裡的文人其實是儒道混合的這個群體。最主要的是表現在"嘯"這件事。呼麥就是嘯，或者說嘯很有可能就是呼麥這件事，有台灣中研院李豐楙在1982年所發表"嘯的傳說及其對文學的影響--以「嘯旨」為中心的綜合考察"，以及中國學者范子爗考據過（范子爗 2021 自然的亲证——啸音与乐诗研究），拜讀全書加上我自己的練習經驗，可能性很高，至少呼麥是嘯的其中一種。 （可以先讀晉朝成公綏的嘯賦）

    也就是說你在古詩詞、小說中讀到的嘯、長嘯就是呼麥，文人做詩詞歌賦總喜歡胡亂嘯一下，顯得很清雅或是激昂（自行搜尋"包含嘯字的詩句"），當然大多是作者的浪漫想像，至少唐朝以後，嘯就在漢字文化圈中消失了。例如武俠小說中，洪七公、郭靖、楊過、謝遜、張無忌都長嘯過，洪七公的是"發嘯之人已近在身旁樹林之中，嘯聲忽高忽低，時而如龍吟獅吼，時而如狼嗥泉鳴，或若長風振林，或若微雨濕花，極盡千變萬化之致。"

    我延伸推測所謂龍吟虎嘯雖然很抽象、神話意味很濃厚，但是似乎可以說龍吟指的是哨音呼麥，虎嘯指的是低音呼麥（見以下武術部份）

※釋家：

    先看這一段影片：Gyuto Monks Tantric Choir: Tibetan Chants for World Peace

    至於什麼聲音與身體共振、心靈和平、促進免疫之類的就不多闡述了，聽了舒服就聽。哪天我決定要改行當神棍，我再來擴充。

《大方廣佛華嚴經卷》：「菩薩摩訶薩有十種獅子吼」。以一個純純的佛學外行人的不負責任猜測，我認為呼麥＝嘯（的一種）＝（某一種）獅子吼

※音樂：

    獨坐幽篁裡，彈琴復長嘯。 深林人不知，明月來相照。 （唐‧王維‧《竹里館》）.

雖然沒有說是彈琴同時還長嘯合音，還是談完琴之後，又做長嘯，不過我到是很期待這種琴嘯合鳴的出現。古琴配以人聲吟唱過去早有嘗試，例如 古琴 隱山之音 范李彬 ，其他的不多推薦，很多（不是全部）都很匠氣，單純是作為背景音樂用的。

    我自己彈琴時若是配以低音呼麥在背景吟唱，其實有一種琴聲與人聲共鳴而產生的震盪和諧感，就像是中國的笙或是歐洲的風笛一樣，可以兩音以上一起出現，低音呼麥就像風笛的那一管最低音，琴聲與整個人一體的感覺，就是很舒暢（別期望我會說出什麼 天人合一、人琴合一之類的令人做噁的套話，除非哪天我決定要改行當神棍）。

※健康：

    包括兩個層面：心理與生理。心裡層次就如上面三個面向所述，健康來自心靈的放鬆。

    而生理層次就如以下武術的部份所述，再加上一個說法就是范子燁書中提到多次的：呼麥對海馬迴的刺激，防止失智這等的說法（范子燁說的，不是我說的），但是找不到文獻，所以姑妄聽之。我只"感覺"到每次鼻腔呼麥時，彷彿是把我的腦袋裡面的血管用超音波沖洗過，再多做幾次血管就快要被洗下來的東西堵住了。

※武術：

    呼麥（嘯）跟武術有關？！你是說武俠小說嗎？前面已經說過了！還是你也是練功夫練傻了，把神話當作武術了？要不要來個閃電五連鞭！（話說人家馬大師每一次有閃電五連鞭的影片出來，都被罵到流量滿滿，哪天要當武棍阿伯時也要這樣做，神棍當如是也！）

    很多武術都會發聲，例如北方的八極拳有哼哈，形意拳這一系列有各式的 嗯噫啊呵等等發聲，號稱源自少林的各種南北方拳術都有在打拳全出力時發聲助力的展示。那麼這些關係到呼麥什麼事？ 見我這一篇。

    武術跟聲音有關這一點是沒問題，但是不是每一種武術都得跟聲音有關，有發聲的武術未必就一定高明，沒有發聲的武術未必就是比較差殘缺失傳了什麼功法。